• インストール
• Atomic Simulation Environment ver. 3 with Jacapo

• 密度汎関数理論（DFT: Density functional theory）
• 平面波展開、平面波基底（Plane wave basis）
• Vanderbilt のウルトラソフト擬ポテンシャル（Vanderbilt ultrasoft pseudo-potential）
• 交換相関ポテンシャル（Exchange-correlations potential）
  • 局所密度近似（Local Density Approximation (LDA)）
  • 一般勾配近似（Generalized Gradient Approximation (GGA)）

• Campos Atomistic Simulation enviroment (ASE)

1. 一点計算
   • 入力した構造の全エネルギー
   • 状態密度の計算
   • 波動関数の計算
   • 電子密度（電荷密度）の計算
2. 緩和計算
   • 最適化された構造の原子配置
   • 入力した初期構造から最適化された構造にいたる緩和過程
3. バンド計算
   • 収斂した電荷密度を用いて各波数に対するエネルギー固有値を計算する

                          +-------------+
    Subset(...) <-------> | MDMin(...)  |   
|  +------------+  |      +-------------+
|  | Atom(...)  |  |
|  | Atom(...)  |  | 
|  +------------+  |
|    Atom(...)     |
|    Atom(...)     |
|         .        |
|         .        |
|                  |
+------------------+       +-------------+
 ListOfAtoms(...)<-------> | Dacapo(...) |
                           +-------------+

  a = Atom(...)
  m = ListOfAtoms([a, ...], ...)
  c = Dacapo(...)
  m.SetCalculator(c)
  c.Calculate()

• atomオブジェクト
• listofatomsオブジェクト
• dacapoオブジェクト
• dacapo_manual
• ase_manual

atomオブジェクト

原子の情報（元素、座標、磁気モーメント、動かすかどうかの印）

listofatomsオブジェクト

原子を入れた箱の情報、（入れた原子、箱の寸法）この箱を周期的にならべる。

dacapoオブジェクト

計算条件

Introduction The simplest form of a filter is a wrapper around a ListOfAtoms object. The filter object will only implement the methods of the ListOfAtoms interface that are needed (some ListOfAtoms methods are filtered out).

A typical use case will look like this:

+-------------+     +--------+     +----------+
| ListOfAtoms |<----| Filter |<----| Dynamics |
+-------------+     +--------+     +----------+

and in Python this would be:

m = ListOfAtoms(...)
s = Filter(m, ...)
d = Dynamics(s, ...)

Filters are used for imposing constraints and for the Nudged Elastic Band method.

• Subsetオブジェクト
• FixCoordinatesオブジェクト
• FixBondLengthオブジェクト
• Filterクラス

• MDMinオブジェクト
• Conjugate Gradientオブジェクト
• Quasi Newtonオブジェクト
• 分子動力学

• ASE.Visualization
• ASE.IO
• ASE.Utilities