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ab_initio:dacapo簡易マニュアル

ase3 + jacapo簡易マニュアル

ASE2 + Dacapo簡易マニュアル

ASE + Dacapoでできること

ASE + Dacapoのクラスライブラリ

                          +-------------+
    Subset(...) <-------> | MDMin(...)  |   
|  +------------+  |      +-------------+
|  | Atom(...)  |  |
|  | Atom(...)  |  | 
|  +------------+  |
|    Atom(...)     |
|    Atom(...)     |
|         .        |
|         .        |
|                  |
+------------------+       +-------------+
 ListOfAtoms(...)<-------> | Dacapo(...) |
                           +-------------+

基本クラス

  a = Atom(...)
  m = ListOfAtoms([a, ...], ...)
  c = Dacapo(...)
  m.SetCalculator(c)
  c.Calculate()
atomオブジェクト
原子の情報(元素、座標、磁気モーメント、動かすかどうかの印)
listofatomsオブジェクト
原子を入れた箱の情報、(入れた原子、箱の寸法)この箱を周期的にならべる。
dacapoオブジェクト
計算条件

Filterクラス

Introduction The simplest form of a filter is a wrapper around a ListOfAtoms object. The filter object will only implement the methods of the ListOfAtoms interface that are needed (some ListOfAtoms methods are filtered out).

A typical use case will look like this:

+-------------+     +--------+     +----------+
| ListOfAtoms |<----| Filter |<----| Dynamics |
+-------------+     +--------+     +----------+

and in Python this would be:

m = ListOfAtoms(...)
s = Filter(m, ...)
d = Dynamics(s, ...)

Filters are used for imposing constraints and for the Nudged Elastic Band method.

Dynamicsクラス

その他のクラス

  • ASE.Visualization
  • ASE.Utilities
ab_initio/dacapo簡易マニュアル.txt · 最終更新: 2020/08/17 15:33 by kimi