• ubuntuのインストール
• 基本開発環境
• RasMolのインストール
• JREのインストール
• Jmolのインストール
• ImageJ

1. Python 2.2以上
2. full netcdf the package (containing required netcdf.h file)
3. Numeric Python 24.2.
4. Scientific Python 2.4.11

ubuntuでは、Synapticパッケージマネージャでpython-scientificをインストールすると依存性からすべてインストールされる。

1. Rasmol
2. Gnuplot (gnuplot-py)
3. Python Pexpect
4. Matplotlib 0.90.0
5. vtk
   • vtkpython サンプル

     import vtk
     cs = vtk.vtkConeSource()
     map = vtk.vtkPolyDataMapper()
     map.SetInput(cs.GetOutput())
     actor = vtk.vtkActor()
     actor.SetMapper(map)
     ren = vtk.vtkRenderer()
     renwin = vtk.vtkRenderWindow()
     ren.AddActor(actor)
     renwin.AddRenderer(ren)
     renwin.Render()
     iren = vtk.vtkRenderWindowInteractor()
     renwin.SetInteractor(iren)

    ln -s /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so.5.0 /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so

    export VTK_TK_WIDGET_PATH=/usr/lib

以下のパッケージはUbuntu 8.10ではデフォルトでインストールされている。他のディストリビューションを利用する場合は確認すること。

パッケージ名: gcc

言わずと知れたGNU C コンパイラ。C 言語のシンタックスについてはポインタとストラクチャを除いて完全に理解しているのが前提。

パッケージ名: python

インタープリタのオブジェクト指向言語。ASE/Dacapoを使いこなすためには必須。

以下のパッケージはUbuntu 8.10では「アプリケーションの追加と削除」からインストールできる。

パッケージ名: sun-java6-jdk (Sun Java 6 Runtime)コード

Sun Microsystemsの提供する Javaの実行環境(JRE: Java(TM) Runtime Environment)。これにより計算機の機種や基本ソフトウェアに依らず同じプログラムを実行することができる。JmolやImageJで必要になる。

The Java(TM) Plug-in, Java SE 6 Java Plug-in enables applets written to the Java Platform 6 specification to be run in Mozilla and other web browsers. Java Plug-in comes with the Java Runtime Environment (JRE). This is a metapackage containing dependencies for running Java in various browsers.

The GNU Fortran 95 compiler This is the GNU Fortran 95 compiler, which compiles Fortran 95 on platforms supported by the gcc compiler. It uses the gcc backend to generate optimized code.

This is a dependency package providing the default GNU Fortran 95 compiler.

Image processing program inspired by NIH Image for the Macintosh It can display, edit, analyze, process, save and print 8-bit, 16-bit and 32-bit images. It can read many image formats including TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS and “raw”. It supports “stacks”, a series of images that share a single window.

It can calculate area and pixel value statistics of user-defined selections. It can measure distances and angles. It can create density histograms and line profile plots. It supports standard image processing functions such as contrast manipulation, sharpening, smoothing, edge detection and median filtering.

Spatial calibration is available to provide real world dimensional measurements in units such as millimeters. Density or gray scale calibration is also available.

ImageJ is developed by Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov), is at the Research Services Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda, Maryland, USA.

画像操作プログラム Imagemagick は、各種画像フォーマット (JPEG、TIFF、PhotoCD、PBM、XPM、など) を操作するためのプログラムの集合体です。全ての操作は、シェルコマンドに加え、 X11 グラフィカルインターフェイス (ディスプレイ) を通じて行われます。

実行可能なエフェクト: カラーマップ操作、チャンネル操作、サムネイル作成、 画像の回転、画像の切り取り、画像の歪曲など…

Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D Jmol icon with features for chemicals, crystals, materials and biomolecules http://jmol.sourceforge.net/

$ export JMOL_HOME=~/jmol-11.6.10
$ jmol-11.6.10/jmol

                      README file for VMD 1.8.6

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What is VMD? See also http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

VMD is designed for the visualization and analysis of biological

systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. It may be used to view more general molecules, as VMD can read standard Protein Data Bank (PDB) files and display the contained structure. VMD provides a wide variety of methods for rendering and coloring molecule. VMD can be used to animate and analyze the trajectory of molecular dynamics (MD) simulations, and can interactively manipulate molecules being simulated on remote computers (Interactive MD).