Ubuntu8.10の場合Rasmolはアプリケーションの追加と削除でインストールすることができる。

「アプリケーション」メニューから「追加と削除」を起動し、「Education」カテゴリの「すべての利用可能なアプリケーション」で「rasmol」を検索すると、

RasMol (GTK version)
Visualize biological macromolecules  

がヒットする。チェックボックスをチェックして「変更の適用」を選択するとアプリケーションメニューの「教育・教養」サブメニューに

RasMol (GTK version)
RasMol (classic version)

が登録される。

この状態で、コマンドプロンプトからrasmolを起動するとGTK版が起動する。これは、

$ which rasmol
/usr/bin/rasmol
$ ls -l /usr/bin/rasmol
lrwxrwxrwx 1 root root 24 2009-01-27 21:02 /usr/bin/rasmol -> /etc/alternatives/rasmol
$ ls -l /etc/alternatives/rasmol 
lrwxrwxrwx 1 root root 19 2009-01-27 21:02 /etc/alternatives/rasmol -> /usr/bin/rasmol-gtk

のように二重のシンボリックリンクが張られているためである。 このままでは、ASEから子プロセスとして呼び出す場合もGTK版が起動してしまう。ASEからrasmolをコントロールするためにはx11版がrasmolという名前で起動できる必要がある。x11版は

$ ls -l /usr/bin/rasmol*
lrwxrwxrwx 1 root root     24 2009-01-27 21:02 /usr/bin/rasmol -> /etc/alternatives/rasmol
-rwxr-xr-x 1 root root    830 2008-10-21 02:45 /usr/bin/rasmol-classic
-rwxr-xr-x 1 root root 676564 2008-10-21 02:45 /usr/bin/rasmol-gtk

のように、 rasmol-classicの名前でインストールされているので、コマンドプロンプトからrasmolという名前でx11版rasmolが起動されるようにするには

$ sudo ln -sf /usr/bin/rasmol-classic /etc/alternatives/rasmol 

のようにリンクを張り直しておけばよい。(unixコマンドレファレンス sudo, ln参照)