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seminar:remote

リモートアクセス実習

実習1: CUI実習

  1. ターミナルを起動し、計算用サーバにリモートログインする。
  2. ターミナルからsshをつかってsstg1にログインする。
    $ ssh t92d005@sstg1
    sstg1:~$
    • 学番は自分のを使う(末尾のイニシャルは不要)
    • パスワードは白板のアレ
  3. sshの終了の仕方
    sstg1:~$ exit
    $ 

sstg1側でpythonを起動

sstg1:~$ python
Python 2.7.3 (default, Sep 26 2013, 20:03:06) 
[GCC 4.6.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from ase import Atoms
>>> box1 = Atoms(cell = (4.0, 4.0, 4.0), pbc = True)
>>> from ase import Atom
>>> box1.append(Atom('C', (2.0, 2.0, 2.0)))
>>> box1.append(Atom('O', (3.1, 2.0, 2.0)))
>>> from ase.calculators.jacapo import Jacapo
>>> solver1 = Jacapo(nbands = 6)
>>> box1.set_calculator(solver1)
>>> solver1.calculate()
>>> print box1.get_total_energy()
-591.604035353
>>> exit()
sstg1:~$ 
sstg1:~$ python
Python 2.7.3 (default, Sep 26 2013, 20:03:06) 
[GCC 4.6.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> a1 = (4.0, 0.0, 0.0)
>>> a2 = (0.0, 4.0, 0.0)
>>> a3 = (0.0, 0.0, 4.0)
>>> from ase import Atoms
>>> box1 = Atoms(cell = [a1, a2, a3], pbc = True)
>>> v1 = (2.0, 2.0, 2.0)
>>> v2 = (3.1, 2.0, 2.0)
>>> from ase import Atom
>>> atom1 = Atom('C', v1)
>>> atom2 = Atom('O', v2)
>>> box1.append(atom1)
>>> box1.append(atom2)
>>> from ase.calculators.jacapo import Jacapo
>>> solver1 = Jacapo(nbands = 6)
>>> box1.set_calculator(solver1)
>>> solver1.calculate()
>>> print box1.get_total_energy()
-591.604035353
>>> exit()
sstg1:~$ 

CotEditを使ってMac側にco.pyを作成

from ase import Atoms
a1 = (4.0, 0.0, 0.0)
a2 = (0.0, 4.0, 0.0)
a3 = (0.0, 0.0, 4.0)
box1 = Atoms(cell = [a1, a2, a3], pbc = True)
 
from ase import Atom
v1 = (2.0, 2.0, 2.0)
atom1 = Atom('C', v1)
v2 = (3.1, 2.0, 2.0)
atom2 = Atom('O', v2)
 
box1.append(atom1)
box1.append(atom2)
 
from ase.calculators.jacapo import Jacapo
solver1 = Jacapo(nbands = 6)
 
box1.set_calculator(solver1)
solver1.calculate()
 
print box1.get_total_energy()
  1. co.pyをsstg1にCyberDuckを使って転送
  2. co.pyをsstg1で実行
    sstg1:~$ ls
    Examples  co.py
    sstg1:~$ python co.py
    -591.604035353
    sstg1:~$ ls
    Examples  co.data  co.py  out.nc  out.txt

    実行する前に既にout.ncが存在するとうまく実行できないことがあるので、既にout.ncが存在しているときは、先にout.ncを削除する。

    sstg1:~$ ls
    Examples  co.data  co.py  out.nc  out.txt
    sstg1:~$ rm out.nc
    sstg1:~$ ls
    Examples  co.data  co.py  out.txt

実習2

  • 以下の分子についても計算をしてみよ。
  1. CO
  2. CO2
  3. H2O
  4. NH3
  5. CH4
  6. SiH4

注意

  • 箱の大きさは若干大きめにした方がよい
  • nbandsの大きさは以下の価電子数を参考に決めよ
元素名元素記号原子番号(全電子数)価電子数
水素 H 1 1
窒素 N 5 3
炭素 C 6 4
酸素 O 8 6
シリコン Si 14 4

(価電子数の合計÷2)+アルファ

CO → 4+6 = 10 → 10/2 = 5 → 5+x = 8

seminar/remote.txt · 最終更新: 2020/12/15 09:04 by kimi