Visualize biological macromolecules

RasMol is a molecular graphics program intended for the visualisation of proteins, nucleic acids and small molecules. The program is aimed at display, teaching and generation of publication quality images. The program reads in a molecule coordinate file and interactively displays the molecule on the screen in a variety of colour schemes and molecule representations. Currently available representations include depth-cued wireframes, 'Dreiding' sticks, spacefilling (CPK) spheres, ball and stick, solid and strand biomolecular ribbons, atom labels and dot surfaces. Supported input file formats include Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy and Sybyl Mol2 formats, Molecular Design Limited's (MDL) Mol file format, Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XYZ (XMol) format, CHARMm format, CIF format and mmCIF format files. This package installs two versions of RasMol, rasmol-gtk has a modern GTK-based user interface and rasmol-classic is the version with the old Xlib GUI.

ホームページ: http://rasmol.org シリコン結晶

コマンドライン駆動型の対話式作図プログラム 2D および 3D のグラフをデータや関数から作成するためのパッケージで、数多 くのプリンタドライバを持ち、(La)TeX，(x)fig，Postscript などの多数の出 力フォーマットにも対応しています。X11 出力は、gnuplot-x11 でパッケージ 化されています。

C 風の組み込み言語をを使って、データファイルや自己定義した関数を扱うこ とができます。平滑化、スプライン関数によるフィッティング、非線型フィッ ティングが可能です。複素数に対しても動作します。

This package is for transition and to install a full-featured gnuplot supporting the X11-output. If you want to skip the X-windows-dependency (e.g. if you're running a small server) just install “gnuplot-nox” and skip this metapackage.

作図プログラム gnuplot への Python 用インターフェイス gnuplot.py は Python モジュールで、人気の高い作図プログラムである gnuplot へのインターフェイスです。メモリやデータファイル、数学関数中のデータ配列を 作図するのに、Python 中から gnuplot を使用することができます。演算目的や、 数学プログラムへの '接着剤' として Python を使うのであれば、計算後すぐに 本モジュールによって作図させることができます。さらに Python と組み合わせて 使用すれば、異なるデータセットを連続して作図することにより、生の 'アニメー ション' 生成などの処理を容易かつ自動的に行なえるようになります。

NetCDF ファイル読み書き用プログラム NetCDF ファイルを ASCII ファイルへの変換、又はその逆変換を行う ncdump および ncgen プログラムが含まれます。NetCDF (network Common Data Form) は、科学データへのアクセス用インターフェイスおよびインターフェイスの 実装を供給するフリーで配布されているソフトウェアインターフェイスです。 netCDF ライブラリは、科学データを表現するためのマシンに依存しない フォーマットも定義します。 合わせて、インターフェイス、ライブラリ、そしてフォーマットは科学データの 作成、アクセス、そして共有機能をサポートします。

A netCDF interface for Python A Python module to access netCDF files. NetCDF (network Common Data Form) is an interface for scientific data access and a freely-distributed software library that provides an implementation of the interface.

Development kit for NetCDF NetCDF (network Common Data Form) is an interface for scientific data access and a freely-distributed software library that provides an implementation of the interface. The netCDF library also defines a machine-independent format for representing scientific data. Together, the interface, library, and format support the creation, access, and sharing of scientific data.

This package includes everything needed for developing in C, C++, Fortran 77, and Fortran 90.

tcl-tk num sci も同時に

Tcl bindings for VTK This provides the shared libraries and executable that enable one to use VTK from Tcl/Tk scripts. You will need Tcl/Tk and vtk installed to use this.

Python bindings for VTK This provides the shared libraries that enable one to use VTK from Python scripts. You will need Python and vtk installed to use this. Some useful information may be available in /usr/share/doc/python-vtk/.

Example data for VTK The Visualization Toolkit comes with example C++, Tcl and Python code. These examples reference data files installed by this package.

During building of VTK packages this data is used in the testing stages.

VTK クラスリファレンス文書 このパッケージには、すべての VTK C++ クラスについての包括的な HTML 文書が含まれています。doxygen と Sebastien Barre 他によるいくつかの 優れた perl スクリプトによって文書化されました。 詳細は、/usr/share/doc/vtk-doc/ にある README.docs を参照してください。 文書は /usr/share/doc/vtk/html 配下にあります。

C++, Tcl and Python example programs/scripts for VTK This package contains examples from the VTK source. To compile the C++ examples you will need to install the vtk-dev package as well. The Python and Tcl examples can be run with the corresponding packages (python-vtk, vtk-tcl).

Python module for automating interactive applications Pexpect is a pure Python module for spawning child applications; controlling them; and responding to expected patterns in their output. Pexpect works like Don Libes' Expect. Pexpect allows your script to spawn a child application and control it as if a human were typing commands.

Python based plotting system in a style similar to Matlab Matplotlib is a pure Python plotting library designed to bring publication quality plotting to Python with a syntax familiar to Matlab users. All of the plotting commands in the pylab interface can be accessed either via a functional interface familiar to Matlab users or an object oriented interface familiar to Python users. +<latex> \LaTeX</latex>一式

Pythonのための (多次元配列に対する) 数学演算 This package is now deprecated, please use the python-numpy package for developing new software.

この Python 用数学演算拡張機能 (NumPy) を利用することで、すばらし い汎用プログラミング言語である Pyhton において、強力な多次元配列オブ ジェクトを扱うことができるようになります。Phython の汎用のプログラミング 言語としての利点はそのままで、Matlab や IDL といった数学演算専用の言語と 同等の数学演算が可能になります。

この拡張機能によって、下記のような、新しい2つのオブジェクト型が使える ようになります。また、この2つの新しいオブジェクトに関係した、様々な機 能も使えるようになります。

- Multidimensional Array Objects * Efficient arrays of homogeneous machine types (floats, longs, complex doubles) * Arbitrary number of dimensions * Sophisticated structural operations - Universal Function Objects * Support mathematical functions on all Python objects * Very efficient for array objects

Python modules useful for scientific computing ScientificPython is a collection of Python modules that are useful for scientific computing. Most modules are rather general, others belong to specific domains and will be of interest to only a small number of users (e.g. the module Scientific.IO.PDB). Almost all modules make extensive use of Numerical Python (NumPy)