結晶や分子を構成している原子の配列を可視化する場合、原子の種類とその座標をxyzファイルフォーマットで保存しておくと、Jmol, iMol, RasMolといったアプリケーションを使って描画することができる。pdbファイルも同様に使えるが、xyzファイルのほうが圧倒的に易しいのでこっちをつかう。

原子配列の可視化

単純な一変数の関数のグラフはAbscissaを使う。使用法は「Abscissa実習」を参照。

二変数の関数のグラフは主に

• 二次元のポテンシャル面
• STM像
• LEED/XRD回折像
• パターソン図

などの描画の際に必要になる。 二変数の関数の描画法には、

• 鳥瞰図
  

z=f(x, y)の図形を

• 線画
• 多面体

で記述するか

• 平面図

f(x, y)をx-y平面内で

• 等高線
• 色の濃淡

を用いて表すか のどちらかを使う

鳥瞰図（多面体）の描画は、次節「f(x,y,z)型」の作図法に準拠する。

鳥瞰図（線画）と等高線図には?GnuPlotを使用する。（→?GnuPlot実習）

濃淡図（グラデーションマップ）は、一旦pythonかawkでデータを処理した後ImageJを使用する。（→?ImageJ実習）

三次元ポテンシャルや波動関数を描画しようとするとx,y,z全ての座標に依存する関数を描画する必要があるわけだが、これにはVMDやVESTAを用いる。そのためにはGaussian Cubeファイルフォーマットについての知識が必要になる。 また、ASEのVTKPlotを使うこともできる。必要になったときに個別に相談すること。

• 波動関数描画用ファイルの作り方

• sample2.pdb
• Si結晶のPDBファイル
• 実習 ?PDBファイルの作成
• ちょっとしたテクニック（Tips）
  • Gnuplotでファイルに出力
  • アニメーション用pdbファイル
  • データをファイルから取り出す

• sample2.xyz
• Si結晶のxyzファイル
• 実習 ?xyzファイルの作成
  • アニメーション用xyzファイル
  • データをファイルから取り出す