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--- seminar:jacapo_object [2020/08/18 13:28] – kimi
+++ seminar:jacapo_object [2022/08/23 13:34] (現在) – 外部編集 127.0.0.1
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-====== ase.calculators.jacapo.jacapo ======
+<code>
+ase.calculators.jacapo.jacapo
+index
+/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ase/calculators/jacapo/jacapo.py
+python module for ASE2-free and Numeric-free dacapo   U{John Kitchin<mailto:jkitchin@andrew.cmu.edu>} December 25, 2008   This module supports numpy directly.   * ScientificPython2.8 is required    - this is the first version to use numpy by default.   see https://wiki.fysik.dtu.dk/stuff/nc/ for dacapo netcdf variable documentation
+Modules
+ase.calculators.jacapo.changed
+exceptions
+glob
+logging
+numpy
+os
+pickle
+subprocess
+string
+sys
+ase.calculators.jacapo.validate
+Classes
+Jacapo
+exceptions.Exception(exceptions.BaseException)
+DacapoAbnormalTermination
+DacapoAborted
+DacapoDryrun
+DacapoInput
+DacapoRunning
+class DacapoAbnormalTermination(exceptions.Exception)
+Raised when text file does not end correctly
+Method resolution order:
+DacapoAbnormalTermination
+exceptions.Exception
+exceptions.BaseException
+__builtin__.object
+Data descriptors defined here:
+__weakref__
+list of weak references to the object (if defined)
+Methods inherited from exceptions.Exception:
+__init__(...)
+x.__init__(...) initializes x; see help(type(x)) for signature
+Data and other attributes inherited from exceptions.Exception:
+__new__ = <built-in method __new__ of type object>
+T.__new__(S, ...) -> a new object with type S, a subtype of T
+Methods inherited from exceptions.BaseException:
+__delattr__(...)
+x.__delattr__('name') <==> del x.name
+__getattribute__(...)
+x.__getattribute__('name') <==> x.name
+__getitem__(...)
+x.__getitem__(y) <==> x[y]
+__getslice__(...)
+x.__getslice__(i, j) <==> x[i:j]
+Use of negative indices is not supported.
+__reduce__(...)
+__repr__(...)
+x.__repr__() <==> repr(x)
+__setattr__(...)
+x.__setattr__('name', value) <==> x.name = value
+__setstate__(...)
+__str__(...)
+x.__str__() <==> str(x)
+__unicode__(...)
+Data descriptors inherited from exceptions.BaseException:
+__dict__
+args
+message
+class DacapoAborted(exceptions.Exception)
+Raised when ncfile.status = 'aborted'
+Method resolution order:
+DacapoAborted
+exceptions.Exception
+exceptions.BaseException
+__builtin__.object
+Data descriptors defined here:
+__weakref__
+list of weak references to the object (if defined)
+Methods inherited from exceptions.Exception:
+__init__(...)
+x.__init__(...) initializes x; see help(type(x)) for signature
+Data and other attributes inherited from exceptions.Exception:
+__new__ = <built-in method __new__ of type object>
+T.__new__(S, ...) -> a new object with type S, a subtype of T
+Methods inherited from exceptions.BaseException:
+__delattr__(...)
+x.__delattr__('name') <==> del x.name
+__getattribute__(...)
+x.__getattribute__('name') <==> x.name
+__getitem__(...)
+x.__getitem__(y) <==> x[y]
+__getslice__(...)
+x.__getslice__(i, j) <==> x[i:j]
+Use of negative indices is not supported.
+__reduce__(...)
+__repr__(...)
+x.__repr__() <==> repr(x)
+__setattr__(...)
+x.__setattr__('name', value) <==> x.name = value
+__setstate__(...)
+__str__(...)
+x.__str__() <==> str(x)
+__unicode__(...)
+Data descriptors inherited from exceptions.BaseException:
+__dict__
+args
+message
+class DacapoDryrun(exceptions.Exception)
+Raised when text file does not end correctly
+Method resolution order:
+DacapoDryrun
+exceptions.Exception
+exceptions.BaseException
+__builtin__.object
+Data descriptors defined here:
+__weakref__
+list of weak references to the object (if defined)
+Methods inherited from exceptions.Exception:
+__init__(...)
+x.__init__(...) initializes x; see help(type(x)) for signature
+Data and other attributes inherited from exceptions.Exception:
+__new__ = <built-in method __new__ of type object>
+T.__new__(S, ...) -> a new object with type S, a subtype of T
+Methods inherited from exceptions.BaseException:
+__delattr__(...)
+x.__delattr__('name') <==> del x.name
+__getattribute__(...)
+x.__getattribute__('name') <==> x.name
+__getitem__(...)
+x.__getitem__(y) <==> x[y]
+__getslice__(...)
+x.__getslice__(i, j) <==> x[i:j]
+Use of negative indices is not supported.
+__reduce__(...)
+__repr__(...)
+x.__repr__() <==> repr(x)
+__setattr__(...)
+x.__setattr__('name', value) <==> x.name = value
+__setstate__(...)
+__str__(...)
+x.__str__() <==> str(x)
+__unicode__(...)
+Data descriptors inherited from exceptions.BaseException:
+__dict__
+args
+message
+class DacapoInput(exceptions.Exception)
+raised for bad input variables
+Method resolution order:
+DacapoInput
+exceptions.Exception
+exceptions.BaseException
+__builtin__.object
+Data descriptors defined here:
+__weakref__
+list of weak references to the object (if defined)
+Methods inherited from exceptions.Exception:
+__init__(...)
+x.__init__(...) initializes x; see help(type(x)) for signature
+Data and other attributes inherited from exceptions.Exception:
+__new__ = <built-in method __new__ of type object>
+T.__new__(S, ...) -> a new object with type S, a subtype of T
+Methods inherited from exceptions.BaseException:
+__delattr__(...)
+x.__delattr__('name') <==> del x.name
+__getattribute__(...)
+x.__getattribute__('name') <==> x.name
+__getitem__(...)
+x.__getitem__(y) <==> x[y]
+__getslice__(...)
+x.__getslice__(i, j) <==> x[i:j]
+Use of negative indices is not supported.
+__reduce__(...)
+__repr__(...)
+x.__repr__() <==> repr(x)
+__setattr__(...)
+x.__setattr__('name', value) <==> x.name = value
+__setstate__(...)
+__str__(...)
+x.__str__() <==> str(x)
+__unicode__(...)
+Data descriptors inherited from exceptions.BaseException:
+__dict__
+args
+message
+class DacapoRunning(exceptions.Exception)
+Raised when ncfile.status = 'running'
+Method resolution order:
+DacapoRunning
+exceptions.Exception
+exceptions.BaseException
+__builtin__.object
+Data descriptors defined here:
+__weakref__
+list of weak references to the object (if defined)
+Methods inherited from exceptions.Exception:
+__init__(...)
+x.__init__(...) initializes x; see help(type(x)) for signature
+Data and other attributes inherited from exceptions.Exception:
+__new__ = <built-in method __new__ of type object>
+T.__new__(S, ...) -> a new object with type S, a subtype of T
+Methods inherited from exceptions.BaseException:
+__delattr__(...)
+x.__delattr__('name') <==> del x.name
+__getattribute__(...)
+x.__getattribute__('name') <==> x.name
+__getitem__(...)
+x.__getitem__(y) <==> x[y]
+__getslice__(...)
+x.__getslice__(i, j) <==> x[i:j]
+Use of negative indices is not supported.
+__reduce__(...)
+__repr__(...)
+x.__repr__() <==> repr(x)
+__setattr__(...)
+x.__setattr__('name', value) <==> x.name = value
+__setstate__(...)
+__str__(...)
+x.__str__() <==> str(x)
+__unicode__(...)
+Data descriptors inherited from exceptions.BaseException:
+__dict__
+args
+message
+class Jacapo
+Python interface to the Fortran DACAPO code
+Methods defined here:
+__del__(self)
+If calculator is deleted try to stop dacapo program
+__init__(self, nc='out.nc', outnc=None, deletenc=False, debug=30, stay_alive=False, **kwargs)
+Initialize the Jacapo calculator
+:Parameters:
+  nc : string
+   output netcdf file, or input file if nc already exists
+  outnc : string
+   output file. by default equal to nc
+  deletenc : Boolean
+   determines whether the ncfile is deleted on initialization
+   so a fresh run occurs. If True, the ncfile is deleted if
+   it exists.
+  debug : integer
+   logging debug level.
+Valid kwargs:
+  atoms : ASE.Atoms instance
+    atoms is an ase.Atoms object that will be attached
+    to this calculator.
+  pw : integer
+    sets planewave cutoff
+  dw : integer
+    sets density cutoff
+  kpts : iterable
+    set chadi-cohen, monkhorst-pack kpt grid,
+    e.g. kpts = (2,2,1) or explicit list of kpts
+  spinpol : Boolean
+    sets whether spin-polarization is used or not.
+  fixmagmom : float
+    set the magnetic moment of the unit cell. only used
+    in spin polarize calculations
+  ft : float
+    set the Fermi temperature used in occupation smearing
+  xc : string
+    set the exchange-correlation functional.
+    one of ['PZ','VWN','PW91','PBE','RPBE','revPBE'],
+  dipole
+    boolean
+    turn the dipole correction on (True) or off (False)
+    or:
+    dictionary of parameters to fine-tune behavior
+    {'status':False,
+    'mixpar':0.2,
+    'initval':0.0,
+    'adddipfield':0.0,
+    'position':None}
+  nbands : integer
+    set the number of bands
+  symmetry : Boolean
+    Turn symmetry reduction on (True) or off (False)
+  stress : Boolean
+    Turn stress calculation on (True) or off (False)
+  debug : level for logging
+    could be something like
+    logging.DEBUG or an integer 0-50. The higher the integer,
+    the less information you see set debug level (0 = off, 10 =
+    extreme)
+Modification of the nc file only occurs at calculate time if needed
+>>> calc = Jacapo('CO.nc')
+reads the calculator from CO.nc if it exists or
+minimally initializes CO.nc with dimensions if it does not exist.
+>>> calc = Jacapo('CO.nc', pw=300)
+reads the calculator from CO.nc or initializes it if
+it does not exist and changes the planewave cutoff energy to
+eV
+ >>> atoms = Jacapo.read_atoms('CO.nc')
+returns the atoms in the netcdffile CO.nc, with the calculator
+attached to it.
+>>> atoms, calc = read('CO.nc')
+__str__(self)
+pretty-print the calculator and atoms.
+we read everything directly from the ncfile to prevent
+triggering any calculations
+atoms_are_equal(self, atoms)
+comparison of atoms to self.atoms using tolerances to account
+for float/double differences and float math.
+attach_child(self, child)
+calculate(self)
+run a calculation.
+you have to be a little careful with code in here. Use the
+calculation_required function to tell if a calculation is
+required. It is assumed here that if you call this, you mean
+it.
+calculation_required(self, atoms=None, quantities=None)
+determines if a calculation is needed.
+return True if a calculation is needed to get up to date data.
+return False if no calculation is needed.
+quantities is here because of the ase interface.
+delete_ncattdimvar(self, ncf, ncattrs=None, ncdims=None, ncvars=None)
+helper function to delete attributes,
+dimensions and variables in a netcdffile
+this functionality is not implemented for some reason in
+netcdf, so the only way to do this is to copy all the
+attributes, dimensions, and variables to a new file, excluding
+the ones you want to delete and then rename the new file.
+if you delete a dimension, all variables with that dimension
+are also deleted.
+execute_external_dynamics(self, nc=None, txt=None, stoppfile='stop', stopprogram=None)
+Implementation of the stay alive functionality with socket
+communication between dacapo and python.  Known limitations:
+It is not possible to start 2 independent Dacapo calculators
+from the same python process, since the python PID is used as
+identifier for the script[PID].py file.
+execute_parent_calculation(self)
+Implementation of an extra level of parallelization, where one jacapo calculator spawns several
+dacapo.run processes. This is used for NEBs parallelized over images.
+get(self, *args)
+get values for args.
+e.g. calc.get('nbands')
+get_ados(self, **kwargs)
+attempt at maintaining backward compatibility with get_ados
+returning data
+Now when we call calc.get_ados() it will return settings,
+and calc.get_ados(atoms=[],...) should return data
+get_ados_data(self, atoms, orbitals, cutoff, spin)
+get atom projected data
+:Parameters:
+  atoms
+      list of atom indices (integers)
+  orbitals
+      list of strings
+      ['s','p','d'],
+      ['px','py','pz']
+      ['d_zz', 'dxx-yy', 'd_xy', 'd_xz', 'd_yz']
+  cutoff : string
+    cutoff radius you want the results for 'short' or 'infinite'
+  spin
+    : list of integers
+    spin you want the results for
+    [0] or [1] or [0,1] for both
+returns (egrid, ados)
+egrid has the fermi level at 0 eV
+get_all_eigenvalues(self, spin=0)
+return all the eigenvalues at all the kpoints for a spin.
+:Parameters:
+  spin : integer
+    which spin the eigenvalues are for
+get_ascii_debug(self)
+Return the debug settings in Dacapo
+get_atoms(self)
+return the atoms attached to a calculator()
+get_bz_k_points(self)
+return list of kpoints in the Brillouin zone
+get_calculate_stress(self)
+return whether stress is calculated or not
+get_cd = get_charge_density(self, spin=0)
+get_charge_density(self, spin=0)
+return x,y,z,charge density data
+x,y,z are grids sampling the unit cell
+cd is the charge density data
+netcdf documentation::
+  ChargeDensity(number_of_spin,
+                hardgrid_dim3,
+                hardgrid_dim2,
+                hardgrid_dim1)
+  ChargeDensity:Description = "realspace charge density" ;
+          ChargeDensity:unit = "-e/A^3" ;
+get_charge_mixing(self)
+return charge mixing parameters
+get_convergence(self)
+return convergence settings for Dacapo
+get_debug(self)
+Return the python logging level
+get_decoupling(self)
+return the electrostatic decoupling parameters
+get_dipole(self)
+return dictionary of parameters if the DipoleCorrection was used
+get_dipole_moment(self, atoms=None)
+return dipole moment of unit cell
+Defined by the vector connecting the center of electron charge
+density to the center of nuclear charge density.
+Units = eV*angstrom
+ Debye = 0.208194 eV*angstrom
+get_dw(self)
+return the density wave cutoff
+get_ef = get_fermi_level(self)
+get_effective_potential(self, spin=1)
+returns the realspace local effective potential for the spin.
+the units of the potential are eV
+:Parameters:
+  spin : integer
+     specify which spin you want, 0 or 1
+get_eigenvalues(self, kpt=0, spin=0)
+return the eigenvalues for a kpt and spin
+:Parameters:
+  kpt : integer
+    index of the IBZ kpoint
+  spin : integer
+    which spin the eigenvalues are for
+get_electronic_minimization(self)
+get method and diagonalizations per band for electronic
+minimization algorithms
+get_electronic_temperature = get_ft(self)
+get_electrostatic_potential(self, spin=0)
+get electrostatic potential
+Netcdf documentation::
+  double ElectrostaticPotential(number_of_spin,
+                                hardgrid_dim3,
+                                hardgrid_dim2,
+                                hardgrid_dim1) ;
+         ElectrostaticPotential:
+             Description = "realspace local effective potential" ;
+             unit = "eV" ;
+get_ensemble_coefficients(self)
+returns exchange correlation ensemble coefficients
+get_esp = get_electrostatic_potential(self, spin=0)
+get_external_dipole(self)
+return the External dipole settings
+get_extpot(self)
+return the external potential set in teh calculator
+get_extracharge(self)
+Return the extra charge set in teh calculator
+get_fermi_level(self)
+return Fermi level
+get_fftgrid(self)
+return soft and hard fft grids
+get_fixmagmom(self)
+returns the value of FixedMagneticMoment
+get_forces(self, atoms=None)
+Calculate atomic forces
+get_ft(self)
+return the FermiTemperature used in the calculation
+get_ibz_k_points = get_ibz_kpoints(self)
+get_ibz_kpoints(self)
+return list of kpoints in the irreducible brillouin zone
+get_k_point_weights(self)
+return the weights on the IBZ kpoints
+get_kpts(self)
+return the BZ kpts
+get_kpts_type(self)
+return the kpt grid type
+get_magnetic_moment(self, atoms=None)
+calculates the magnetic moment (Bohr-magnetons) of the supercell
+get_magnetic_moments(self, atoms=None)
+return magnetic moments on each atom after the calculation is
+run
+get_mdos(self)
+return multicentered projected dos parameters
+get_mdos_data(self, spin=0, cutoffradius='infinite')
+returns data from multicentered projection
+returns (mdos, rotmat)
+the rotation matrices are retrieved from the text file. I am
+not sure what you would do with these, but there was a note
+about them in the old documentation so I put the code to
+retrieve them here. the syntax for the return value is:
+rotmat[atom#][label] returns the rotation matrix for the
+center on the atom# for label. I do not not know what the
+label refers to.
+get_nbands(self)
+return the number of bands used in the calculation
+get_nc(self)
+return the ncfile used for output
+get_ncoutput(self)
+returns the control variables for the ncfile
+get_number_of_bands = get_nbands(self)
+get_number_of_electrons = get_valence(self, atoms=None)
+get_number_of_grid_points(self)
+return soft fft grid
+get_number_of_iterations(self)
+get_number_of_spins(self)
+if spin-polarized returns 2, if not returns 1
+get_occ = get_occupation_numbers(self, kpt=0, spin=0)
+get_occupation_numbers(self, kpt=0, spin=0)
+return occupancies of eigenstates for a kpt and spin
+:Parameters:
+  kpt : integer
+    index of the IBZ kpoint you want the occupation of
+  spin : integer
+ or 1
+get_occupationstatistics(self)
+return occupation statistics method
+get_potential_energy(self, atoms=None, force_consistent=False)
+return the potential energy.
+get_pseudo_wave_function(self, band=0, kpt=0, spin=0, pad=True)
+return the pseudo wavefunction
+get_pseudopotentials(self)
+get pseudopotentials set for atoms attached to calculator
+get_psp(self, sym=None, z=None)
+get the pseudopotential filename from the psp database
+:Parameters:
+  sym : string
+    the chemical symbol of the species
+  z : integer
+    the atomic number of the species
+you can only specify sym or z. Returns the pseudopotential
+filename, not the full path.
+get_psp_nuclear_charge(self, psp)
+get the nuclear charge of the atom from teh psp-file.
+This is not the same as the atomic number, nor is it
+necessarily the negative of the number of valence electrons,
+since a psp may be an ion. this function is needed to compute
+centers of ion charge for the dipole moment calculation.
+We read in the valence ion configuration from the psp file and
+add up the charges in each shell.
+get_psp_valence(self, psp)
+get the psp valence charge on an atom from the pspfile.
+get_pw(self)
+return the planewave cutoff used
+get_reciprocal_bloch_function(self, band=0, kpt=0, spin=0)
+return the reciprocal bloch function. Need for Jacapo
+Wannier class.
+get_reciprocal_fft_index(self, kpt=0)
+return the Wave Function FFT Index
+get_scratch(self)
+finds an appropriate scratch directory for the calculation
+get_spin_polarized(self)
+Return True if calculate is spin-polarized or False if not
+get_spinpol(self)
+Returns the spin polarization setting, either True or False
+get_status(self)
+get status of calculation from ncfile. usually one of:
+'new',
+'aborted'
+'running'
+'finished'
+None
+get_stay_alive(self)
+return the stay alive settings
+get_stress(self, atoms=None)
+get stress on the atoms.
+you should have set up the calculation
+to calculate stress first.
+returns [sxx, syy, szz, syz, sxz, sxy]
+get_symmetry(self)
+return the type of symmetry used
+get_txt(self)
+return the txt file used for output
+get_ucgrid(self, dims)
+Return X,Y,Z grids for uniform sampling of the unit cell
+dims = (n0,n1,n2)
+n0 points along unitcell vector 0
+n1 points along unitcell vector 1
+n2 points along unitcell vector 2
+get_valence(self, atoms=None)
+return the total number of valence electrons for the
+atoms. valence electrons are read directly from the
+pseudopotentials.
+the psp filenames are stored in the ncfile. They may be just
+the name of the file, in which case the psp may exist in the
+same directory as the ncfile, or in $DACAPOPATH, or the psp
+may be defined by an absolute or relative path. This function
+deals with all these possibilities.
+get_wannier_localization_matrix(self, nbands, dirG, kpoint, nextkpoint, G_I, spin)
+return wannier localization  matrix
+get_wave_function(self, band=0, kpt=0, spin=0)
+return the wave function. This is the pseudo wave function
+divided by volume.
+get_wf = get_wave_function(self, band=0, kpt=0, spin=0)
+get_xc(self)
+return the self-consistent exchange-correlation functional used
+returns a string
+get_xc_energies(self, *functional)
+Get energies for different functionals self-consistent and
+non-self-consistent.
+:Parameters:
+  functional : strings
+    some set of 'PZ','VWN','PW91','PBE','revPBE', 'RPBE'
+This function returns the self-consistent energy and/or
+energies associated with various functionals.
+The functionals are currently PZ,VWN,PW91,PBE,revPBE, RPBE.
+The different energies may be useful for calculating improved
+adsorption energies as in B. Hammer, L.B. Hansen and
+J.K. Norskov, Phys. Rev. B 59,7413.
+Examples:
+get_xcenergies() #returns all the energies
+get_xcenergies('PBE') # returns the PBE total energy
+get_xcenergies('PW91','PBE','revPBE') # returns a
+# list of energies in the order asked for
+initial_wannier(self, initialwannier, kpointgrid, fixedstates, edf, spin)
+return initial wannier
+initnc(self, ncfile=None)
+create an ncfile with minimal dimensions in it
+this makes sure the dimensions needed for other set functions
+exist when needed.
+read_only_atoms(self, ncfile)
+read only the atoms from an existing netcdf file. Used to
+initialize a calculator from a ncfilename.
+:Parameters:
+  ncfile : string
+    name of file to read from.
+return ASE.Atoms with no calculator attached or None if no
+atoms found
+restart(self)
+Restart the calculator by deleting nc dimensions that will
+be rewritten on the next calculation. This is sometimes required
+when certain dimensions change related to unitcell size changes
+planewave/densitywave cutoffs and kpt changes. These can cause
+fortran netcdf errors if the data does not match the pre-defined
+dimension sizes.
+also delete all the output from previous calculation.
+set(self, **kwargs)
+set a parameter
+parameter is stored in dictionary that is processed later if a
+calculation is need.
+set_ados(self, energywindow=(-15, 5), energywidth=0.2, npoints=250, cutoff=1.0)
+setup calculation of atom-projected density of states
+:Parameters:
+  energywindow : (float, float)
+    sets (emin,emax) in eV referenced to the Fermi level
+  energywidth : float
+    the gaussian used in smearing
+  npoints : integer
+    the number of points to sample the DOS at
+  cutoff : float
+    the cutoff radius in angstroms for the integration.
+set_ascii_debug(self, level)
+set the debug level for Dacapo
+:Parameters:
+  level : string
+    one of 'Off', 'MediumLevel', 'HighLevel'
+set_atoms(self, atoms)
+attach an atoms to the calculator and update the ncfile
+:Parameters:
+  atoms
+    ASE.Atoms instance
+set_calculate_stress(self, stress=True)
+Turn on stress calculation
+:Parameters:
+  stress : boolean
+    set_calculate_stress(True) calculates stress
+    set_calculate_stress(False) do not calculate stress
+set_charge_mixing(self, method='Pulay', mixinghistory=10, mixingcoeff=0.1, precondition='No', updatecharge='Yes')
+set density mixing method and parameters
+:Parameters:
+  method : string
+    'Pulay' for Pulay mixing. only one supported now
+  mixinghistory : integer
+    number of iterations to mix
+    Number of charge residual vectors stored for generating
+    the Pulay estimate on the self-consistent charge density,
+    see Sec. 4.2 in Kresse/Furthmuller:
+    Comp. Mat. Sci. 6 (1996) p34ff
+  mixingcoeff : float
+    Mixing coefficient for Pulay charge mixing, corresponding
+    to A in G$^1$ in Sec. 4.2 in Kresse/Furthmuller:
+    Comp. Mat. Sci. 6 (1996) p34ff
+  precondition : string
+    'Yes' or 'No'
+    * "Yes" : Kerker preconditiong is used,
+       i.e. q$_0$ is different from zero, see eq. 82
+       in Kresse/Furthmuller: Comp. Mat. Sci. 6 (1996).
+       The value of q$_0$ is fix to give a damping of 20
+       of the lowest q vector.
+    * "No" : q$_0$ is zero and mixing is linear (default).
+  updatecharge : string
+    'Yes' or 'No'
+    * "Yes" : Perform charge mixing according to
+       ChargeMixing:Method setting
+    * "No" : Freeze charge to initial value.
+       This setting is useful when evaluating the Harris-Foulkes
+       density functional
+set_convergence(self, energy=1e-05, density=0.0001, occupation=0.001, maxsteps=None, maxtime=None)
+set convergence criteria for stopping the dacapo calculator.
+:Parameters:
+  energy : float
+    set total energy change (eV) required for stopping
+  density : float
+    set density change required for stopping
+  occupation : float
+    set occupation change required for stopping
+  maxsteps : integer
+    specify maximum number of steps to take
+  maxtime : integer
+    specify maximum number of hours to run.
+Autopilot not supported here.
+set_debug(self, debug)
+set debug level for python logging
+debug should be an integer from 0-100 or one of the logging
+constants like logging.DEBUG, logging.WARN, etc...
+set_decoupling(self, ngaussians=3, ecutoff=100, gausswidth=0.35)
+Decoupling activates the three dimensional electrostatic
+decoupling. Based on paper by Peter E. Bloechl: JCP 103
+page7422 (1995).
+:Parameters:
+  ngaussians : int
+    The number of gaussian functions per atom
+    used for constructing the model charge of the system
+  ecutoff : int
+    The cut off energy (eV) of system charge density in
+    g-space used when mapping constructing the model change of
+    the system, i.e. only charge density components below
+    ECutoff enters when constructing the model change.
+  gausswidth : float
+    The width of the Gaussians defined by
+    $widthofgaussian*1.5^(n-1)$  $n$=(1 to numberofgaussians)
+set_dipole(self, status=True, mixpar=0.2, initval=0.0, adddipfield=0.0, position=None)
+turn on and set dipole correction scheme
+:Parameters:
+  status : Boolean
+    True turns dipole on. False turns Dipole off
+  mixpar : float
+    Mixing Parameter for the the dipole correction field
+    during the electronic minimization process. If instabilities
+    occur during electronic minimization, this value may be
+    decreased.
+  initval : float
+    initial value to start at
+  adddipfield : float
+    additional dipole field to add
+    units : V/ang
+    External additive, constant electrostatic field along
+    third unit cell vector, corresponding to an external
+    dipole layer. The field discontinuity follows the position
+    of the dynamical dipole correction, i.e. if
+    DipoleCorrection:DipoleLayerPosition is set, the field
+    discontinuity is at this value, otherwise it is at the
+    vacuum position farthest from any other atoms on both
+    sides of the slab.
+  position : float
+    scaled coordinates along third unit cell direction.
+    If this attribute is set, DACAPO will position the
+    compensation dipole layer plane in at the provided value.
+    If this attribute is not set, DACAPO will put the compensation
+    dipole layer plane in the vacuum position farthest from any
+    other atoms on both sides of the slab. Do not set this to
+.0
+calling set_dipole() sets all default values.
+set_dw(self, dw)
+set the density wave cutoff energy.
+:Parameters:
+  dw : integer
+    the density wave cutoff
+The function checks to make sure it is not less than the
+planewave cutoff.
+Density_WaveCutoff describes the kinetic energy neccesary to
+represent a wavefunction associated with the total density,
+i.e. G-vectors for which $ert Gert^2$ $<$
+*Density_WaveCutoff will be used to describe the total
+density (including augmentation charge and partial core
+density). If Density_WaveCutoff is equal to PlaneWaveCutoff
+this implies that the total density is as soft as the
+wavefunctions described by the kinetic energy cutoff
+PlaneWaveCutoff. If a value of Density_WaveCutoff is specified
+(must be larger than or equal to PlaneWaveCutoff) the program
+will run using two grids, one for representing the
+wavefunction density (softgrid_dim) and one representing the
+total density (hardgrid_dim). If the density can be
+reprensented on the same grid as the wavefunction density
+Density_WaveCutoff can be chosen equal to PlaneWaveCutoff
+(default).
+set_electronic_minimization(self, method='eigsolve', diagsperband=2)
+set the eigensolver method
+Selector for which subroutine to use for electronic
+minimization
+Recognized options : "resmin", "eigsolve" and "rmm-diis".
+* "resmin" : Power method (Lennart Bengtson), can only handle
+   k-point parallization.
+* "eigsolve : Block Davidson algorithm
+   (Claus Bendtsen et al).
+* "rmm-diis : Residual minimization
+   method (RMM), using DIIS (direct inversion in the iterate
+   subspace) The implementaion follows closely the algorithm
+   outlined in Kresse and Furthmuller, Comp. Mat. Sci, III.G/III.H
+:Parameters:
+  method : string
+    should be 'resmin', 'eigsolve' or 'rmm-diis'
+  diagsperband : int
+    The number of diagonalizations per band for
+    electronic minimization algorithms (maps onto internal
+    variable ndiapb). Applies for both
+    ElectronicMinimization:Method = "resmin" and "eigsolve".
+    default value = 2
+set_external_dipole(self, value, position=None)
+Externally imposed dipole potential. This option overwrites
+DipoleCorrection if set.
+:Parameters:
+  value : float
+    units of volts
+  position : float
+    scaled coordinates along third unit cell direction.
+    if None, the compensation dipole layer plane in the
+    vacuum position farthest from any other atoms on both
+    sides of the slab. Do not set to 0.0.
+set_extpot(self, potgrid)
+add external potential of value
+see this link before using this
+https://listserv.fysik.dtu.dk/pipermail/campos/2003-August/000657.html
+:Parameters:
+  potgrid : np.array with shape (nx,ny,nz)
+    the shape must be the same as the fft soft grid
+    the value of the potential to add
+you have to know both of the fft grid dimensions ahead of time!
+if you know what you are doing, you can set the fft_grid you want
+before hand with:
+calc.set_fftgrid((n1,n2,n3))
+set_extracharge(self, val)
+add extra charge to unit cell
+:Parameters:
+  val : float
+    extra electrons to add or subtract from the unit cell
+Fixed extra charge in the unit cell (i.e. deviation from
+charge neutrality). This assumes a compensating, positive
+constant backgound charge (jellium) to forge overall charge
+neutrality.
+set_fftgrid(self, soft=None, hard=None)
+sets the dimensions of the FFT grid to be used
+:Parameters:
+  soft : (n1,n2,n3) integers
+    make a n1 x n2 x n3 grid
+  hard : (n1,n2,n3) integers
+    make a n1 x n2 x n3 grid
+>>> calc.set_fftgrid(soft=[42,44,46])
+sets the soft and hard grid dimensions to 42,44,46
+>>> calc.set_fftgrid(soft=[42,44,46],hard=[80,84,88])
+sets the soft grid dimensions to 42,44,46 and the hard
+grid dimensions to 80,84,88
+These are the fast FFt grid numbers listed in fftdimensions.F
+data list_of_fft /2,  4,  6,  8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, &
+,24, 28, 30,32, 36, 40, 42, 44, 48, &
+,60, 64, 66, 70, 72, 80, 84, 88, 90, &
+,108,110,112,120,126,128,132,140,144,154, &
+,168,176,180,192,198,200, &
+,240,264,270,280,288,324,352,360,378,384,400,432, &
+,480,540,576,640/
+otherwise you will get some errors from mis-dimensioned variables.
+this is usually automatically set by Dacapo.
+set_fixmagmom(self, fixmagmom=None)
+set a fixed magnetic moment for a spin polarized calculation
+:Parameters:
+  fixmagmom : float
+    the magnetic moment of the cell in Bohr magnetons
+set_ft(self, ft)
+set the Fermi temperature for occupation smearing
+:Parameters:
+  ft : float
+    Fermi temperature in kT (eV)
+Electronic temperature, corresponding to gaussian occupation
+statistics. Device used to stabilize the convergence towards
+the electronic ground state. Higher values stabilizes the
+convergence. Values in the range 0.1-1.0 eV are recommended,
+depending on the complexity of the Fermi surface (low values
+for d-metals and narrow gap semiconducters, higher for free
+electron-like metals).
+set_kpts(self, kpts)
+set the kpt grid.
+Parameters:
+kpts: (n1,n2,n3) or [k1,k2,k3,...] or one of these
+chadi-cohen sets:
+* cc6_1x1
+* cc12_2x3
+* cc18_sq3xsq3
+* cc18_1x1
+* cc54_sq3xsq3
+* cc54_1x1
+* cc162_sq3xsq3
+* cc162_1x1
+(n1,n2,n3) creates an n1 x n2 x n3 monkhorst-pack grid,
+[k1,k2,k3,...] creates a kpt-grid based on the kpoints
+defined in k1,k2,k3,...
+There is also a possibility to have Dacapo (fortran) create
+the Kpoints in chadi-cohen or monkhorst-pack form. To do this
+you need to set the KpointSetup.gridtype attribute, and
+KpointSetup.
+KpointSetup = [3,0,0]
+KpointSetup.gridtype = 'ChadiCohen'
+KpointSetup(1)  Chadi-Cohen k-point set
+       6 k-points 1x1
+       18-kpoints sqrt(3)*sqrt(3)
+       18-kpoints 1x1
+       54-kpoints sqrt(3)*sqrt(3)
+       54-kpoints 1x1
+       162-kpoints 1x1
+       12-kpoints 2x3
+       162-kpoints 3xsqrt 3
+or
+KpointSetup = [4,4,4]
+KpointSetup.gridtype = 'MonkhorstPack'
+we do not use this functionality.
+set_mdos(self, mcenters=None, energywindow=(-15, 5), energywidth=0.2, numberenergypoints=250, cutoffradius=1.0)
+Setup multicentered projected DOS.
+mcenters
+   a list of tuples containing (atom#,l,m,weight)
+   (0,0,0,1.0) specifies (atom 0, l=0, m=0, weight=1.0) an s orbital
+   on atom 0
+   (1,1,1,1.0) specifies (atom 1, l=1, m=1, weight=1.0) a p orbital
+   with m = +1 on atom 0
+   l=0 s-orbital
+   l=1 p-orbital
+   l=2 d-orbital
+   m in range of ( -l ... 0 ... +l )
+   The direction cosines for which the spherical harmonics are
+   set up are using the next different atom in the list
+   (cyclic) as direction pointer, so the z-direction is chosen
+   along the direction to this next atom. At the moment the
+   rotation matrices is only given in the text file, you can
+   use grep'MUL: Rmatrix' out_o2.txt to get this information.
+adapated from old MultiCenterProjectedDOS.py
+set_nbands(self, nbands=None)
+Set the number of bands. a few unoccupied bands are
+recommended.
+:Parameters:
+  nbands : integer
+    the number of bands.
+if nbands = None the function returns with nothing done. At
+calculate time, if there are still no bands, they will be set
+by:
+the number of bands is calculated as
+$nbands=nvalence*0.65 + 4$
+set_nc(self, nc='out.nc')
+set filename for the netcdf and text output for this calculation
+:Parameters:
+  nc : string
+    filename for netcdf file
+if the ncfile attached to the calculator is changing, the old
+file will be copied to the new file if it doesn not exist so
+that all the calculator details are preserved. Otherwise, the
+if the ncfile does not exist, it will get initialized.
+the text file will have the same basename as the ncfile, but
+with a .txt extension.
+set_ncoutput(self, wf=None, cd=None, efp=None, esp=None)
+set the output of large variables in the netcdf output file
+:Parameters:
+  wf : string
+    controls output of wavefunction. values can
+    be 'Yes' or 'No'
+  cd : string
+    controls output of charge density. values can
+    be 'Yes' or 'No'
+  efp : string
+    controls output of effective potential. values can
+    be 'Yes' or 'No'
+  esp : string
+    controls output of electrostatic potential. values can
+    be 'Yes' or 'No'
+set_occupationstatistics(self, method)
+set the method used for smearing the occupations.
+:Parameters:
+  method : string
+    one of 'FermiDirac' or 'MethfesselPaxton'
+    Currently, the Methfessel-Paxton scheme (PRB 40, 3616 (1989).)
+    is implemented to 1th order (which is recommemded by most authors).
+    'FermiDirac' is the default
+set_parent(self, parent)
+set_pseudopotentials(self, pspdict)
+Set all the pseudopotentials from a dictionary.
+The dictionary should have this form::
+    {symbol1: path1,
+     symbol2: path2}
+set_psp(self, sym=None, z=None, psp=None)
+set the pseudopotential file for a species or an atomic number.
+:Parameters:
+ sym : string
+   chemical symbol of the species
+  z : integer
+    the atomic number of the species
+  psp : string
+    filename of the pseudopotential
+you can only set sym or z.
+examples::
+  set_psp('N',psp='pspfile')
+  set_psp(z=6,psp='pspfile')
+set_psp_database(self, xc=None)
+get the xc-dependent psp database
+:Parameters:
+ xc : string
+   one of 'PW91', 'PBE', 'revPBE', 'RPBE', 'PZ'
+not all the databases are complete, and that means
+some psp do not exist.
+note: this function is not supported fully. only pw91 is
+imported now. Changing the xc at this point results in loading
+a nearly empty database, and I have not thought about how to
+resolve that
+set_pw(self, pw)
+set the planewave cutoff.
+:Parameters:
+ pw : integer
+   the planewave cutoff in eV
+this function checks to make sure the density wave cutoff is
+greater than or equal to the planewave cutoff.
+set_spinpol(self, spinpol=False)
+set Spin polarization.
+:Parameters:
+ spinpol : Boolean
+   set_spinpol(True)  spin-polarized.
+   set_spinpol(False) no spin polarization, default
+Specify whether to perform a spin polarized or unpolarized
+calculation.
+set_status(self, status)
+set the status flag in the netcdf file
+:Parameters:
+  status : string
+    status flag, e.g. 'new', 'finished'
+set_stay_alive(self, value)
+set the stay alive setting
+set_symmetry(self, val=False)
+set how symmetry is used to reduce k-points
+:Parameters:
+ val : Boolean
+   set_sym(True) Maximum symmetry is used
+   set_sym(False) No symmetry is used
+This variable controls the if and how DACAPO should attempt
+using symmetry in the calculation. Imposing symmetry generally
+speeds up the calculation and reduces numerical noise to some
+extent. Symmetry should always be applied to the maximum
+extent, when ions are not moved. When relaxing ions, however,
+the symmetry of the equilibrium state may be lower than the
+initial state. Such an equilibrium state with lower symmetry
+is missed, if symmetry is imposed. Molecular dynamics-like
+algorithms for ionic propagation will generally not break the
+symmetry of the initial state, but some algorithms, like the
+BFGS may break the symmetry of the initial state. Recognized
+options:
+"Off": No symmetry will be imposed, apart from time inversion
+symmetry in recipical space. This is utilized to reduce the
+k-point sampling set for Brillouin zone integration and has no
+influence on the ionic forces/motion.
+"Maximum": DACAPO will look for symmetry in the supplied
+atomic structure and extract the highest possible symmetry
+group. During the calculation, DACAPO will impose the found
+spatial symmetry on ionic forces and electronic structure,
+i.e. the symmetry will be conserved during the calculation.
+set_xc(self, xc)
+Set the self-consistent exchange-correlation functional
+:Parameters:
+ xc : string
+   Must be one of 'PZ', 'VWN', 'PW91', 'PBE', 'revPBE', 'RPBE'
+Selects which density functional to use for
+exchange-correlation when performing electronic minimization
+(the electronic energy is minimized with respect to this
+selected functional) Notice that the electronic energy is also
+evaluated non-selfconsistently by DACAPO for other
+exchange-correlation functionals Recognized options :
+* "PZ" (Perdew Zunger LDA-parametrization)
+* "VWN" (Vosko Wilk Nusair LDA-parametrization)
+* "PW91" (Perdew Wang 91 GGA-parametrization)
+* "PBE" (Perdew Burke Ernzerhof GGA-parametrization)
+* "revPBE" (revised PBE/1 GGA-parametrization)
+* "RPBE" (revised PBE/2 GGA-parametrization)
+option "PZ" is not allowed for spin polarized
+calculation; use "VWN" instead.
+strip(self)
+remove all large memory nc variables not needed for
+anything I use very often.
+update_input_parameters(self)
+read in all the input parameters from the netcdfile
+write(self, new=False)
+write out everything to the ncfile : get_nc()
+new determines whether to delete any existing ncfile, and rewrite it.
+write_input(self)
+write out input parameters as needed
+you must define a self._set_keyword function that does all the
+actual writing.
+write_nc(self, nc=None, atoms=None)
+write out atoms to a netcdffile.
+This does not write out the calculation parameters!
+:Parameters:
+  nc : string
+    ncfilename to write to. this file will get clobbered
+    if it already exists.
+  atoms : ASE.Atoms
+    atoms to write. if None use the attached atoms
+    if no atoms are attached only the calculator is
+    written out.
+the ncfile is always opened in 'a' mode.
+note: it is good practice to use the atoms argument to make
+sure that the geometry you mean gets written! Otherwise, the
+atoms in the calculator is used, which may be different than
+the external copy of the atoms.
+Static methods defined here:
+read_atoms(filename)
+read atoms and calculator from an existing netcdf file.
+:Parameters:
+  filename : string
+    name of file to read from.
+static method
+example::
+  >>> atoms = Jacapo.read_atoms(ncfile)
+  >>> calc = atoms.get_calculator()
+this method is here for legacy purposes. I used to use it alot.
+Data and other attributes defined here:
+__version__ = '0.4'
+default_input = {'ados': None, 'ascii_debug': 'Off', 'atoms': None, 'calculate_stress': False, 'charge_mixing': {'method': 'Pulay', 'mixingcoeff': 0.1, 'mixinghistory': 10, 'precondition': 'No', 'updatecharge': 'Yes'}, 'convergence': {'density': 0.0001, 'energy': 1e-05, 'maxsteps': None, 'maxtime': None, 'occupation': 0.001}, 'decoupling': None, 'dipole': {'adddipfield': 0.0, 'initval': 0.0, 'mixpar': 0.2, 'position': None, 'status': False}, 'dw': 350, 'electronic_minimization': {'diagsperband': 2, 'method': 'eigsolve'}, ...}
+Functions
+read(ncfile)
+return atoms and calculator from ncfile
+>>> atoms, calc = read('co.nc')
+Data
+__docformat__ = 'restructuredtext'
+formatstring = '%(levelname)-10s function: %(funcName)s lineno: %(lineno)-4d %(message)s'
+formatter = <logging.Formatter object>
+handler = <logging.StreamHandler object>
+log = <logging.Logger object>
+</code>