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script:gettotaldensity
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====== gettotaldensity ====== <code python> #!/usr/bin/env python import string from math import log10 from optparse import OptionParser from Dacapo import Dacapo from ASE.IO.Cube import WriteCube cmd = OptionParser(usage = '%prog input_nc_file output_cube_file') (opt, argv) = cmd.parse_args() if len(argv) != 2: cmd.print_help() raise SystemExit ncfile = argv[0] cubefile = argv[1] basename = string.split(cubefile, '.cube') model = Dacapo.ReadAtoms(ncfile) calculator = model.GetCalculator() if not calculator.GetSpinPolarized(): filename_total= basename[0] + '.cube' else: filename_total= basename[0] + '_total.cube' filename_diff= basename[0] + '_diff.cube' filename_spin0= basename[0] + '_spin0.cube' filename_spin1= basename[0] + '_spin1.cube' density0 = calculator.GetDensityArray(spin = 0) density1 = calculator.GetDensityArray(spin = 1) WriteCube(model, density0, filename_spin0) WriteCube(model, density1, filename_spin1) diff = density1 - density0 WriteCube(model, diff, filename_diff) density = calculator.GetDensityArray() WriteCube(model, density, filename_total) </code> ===== Usage ===== <code sh> $ gettotaldensity usage: gettotaldensity input_nc_file output_cube_file options: -h, --help show this help message and exit $ </code>
script/gettotaldensity.txt
· 最終更新: 2022/08/23 13:34 by
127.0.0.1
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