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-====== Jacapo - ASE python interface for Dacapo ======
+====== Jacapo  ======
+-- Dacapoに対するASEのpythonインターフェイス --
-https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/calculators/jacapo.html
+このページは[[https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/calculators/jacapo.html|本家サイト]]の日本語訳である。
 ===== Introduction =====
+JacapoはDacapoのためのASEのインターフェイスで、ASE((訳注：第３版))と完全な互換性がある。JacapoはNumeric pythonとASE第2版を用いていた古いDacapoインターフェイスを置き換えるものである。プログラムは元々John Kitchinによって開発され、詳細な説明書が多くの例題とともに[[http://gilgamesh.cheme.cmu.edu/doc/software/jacapo/index.html|ネットに公開]]((訳注：このURLは現在存在しない))されていた。
+JacapoはASEのオプション的な計算エンジンといった位置付けであり、前述の説明書とは若干の差異が生じているが、説明書自体もうメンテナンスをされていない。
-Jacapo is an ASE interface for Dacapo that is fully compatible with ASE. It replaces the old Dacapo interface using Numeric python and ASE2. The code was originally developed by John Kitchin and detailed documentation as well as many examples are available online:
-http://gilgamesh.cheme.cmu.edu/doc/software/jacapo/index.html
-Jacapo is included as an optional calculator in ASE and small differences to the above documentation may occur, and the documentation is no longer maintained.
 ===== Jacapo calculator =====
+JacapoインターフェイスはASEのインストールと同時に自動的にインストールされ、以下のように読み込むことができる：
+<code python>from ase.calculators.jacapo import Jacapo</code>
+（ただし、Dacapoのインストール作業は必要である）
+==== class ase.calculators.jacapo.Jacapo ====
-The Jacapo interface is automatically installed with ase and can be imported using:
+計算エンジンを初期化するために必要なキーワード引数のリストを以下に示す。
+^キーワード引数^型^引数の意味^
-from ase.calculators.jacapo import Jacapo
+|nc	|文字列|出力用NetCDFファイル、既に存在するときには入力にも使われる|
-(You will need to have a working installation of Dacapo, however.)
+|outnc	|文字列|出力用NetCDFファイル、デフォルトではncと同一|
+|atoms	|オブジェクト|Atomsクラスオブジェクト|
-class ase.calculators.jacapo.Jacapo
+|pw	|実数|波動函数に対するエネルギーカットオフ（eV単位）|
-Here is a list of available keywords to initialize the calculator:
+|dw	|実数|電荷密度に対するエネルギーカットオフ（eV単位）|
+|xc	|文字列|交換相関汎関数、[‘PZ’,’VWN’,’PW91’,’PBE’,’RPBE’,’revPBE’]から選択|
-^keyword	^type	^description^
+|nbands	|整数|固有状態の数|
-|nc	|str	|Output NetCDF file, or input file if nc already exists.|
+|ft	|実数|フェルミ温度|
-|outnc	|str	|Output file. By default equal to nc.|
+|kpts	|リスト|K点サンプルの指定、kpts = (2,2,1)等|
-||atoms	|object	|Atoms object|
+|spinpol	|論理型|スピン分極計算の可否|
-|pw	|float	|Planewave cutoff in eV|
+|fixmagmom	|文字列|単位胞あたりの磁気モーメント|
-|dw	|float	|Density cutoff in eV|
+|symmetry	|論理型|対称性による計算機リソースの軽減の可否|
-|xc	|str	|Exchange-correlation functional. One of [‘PZ’,’VWN’,’PW91’,’PBE’,’RPBE’,’revPBE’]|
+|stress	|論理型|応力計算の可否|
-|nbands	|int	|Number of bands|
+|dipole	|論理型|電気双極子補正の可否|
-|ft	|float	|Fermi temperature|
+|ados	|辞書|原子軌道に投影した状態密度計算移管する情報|
-|kpts	|list	|K-point grid, e.g. kpts = (2,2,1)|
+|stay_alive	|論理型|Turn on/off stay alive|
-|spinpol	|boolean	|Turn on/off spin-polarization|
+|debug	|整数|Set debug level (0=off, 10=extreme)|
-|fixmagmom	|str	|Magnetic moment of the unit cell|
+|deletenc	|論理型|If the nc file exists, delete it (to ensure a fresh run). Default is False.|
-|symmetry	|boolean	|Turn on/off symmetry reduction|
-|stress	|boolean	|Turn on/off stress calculation|
-|dipole	|boolean	|Turn on/off dipole correction|
-|ados	|dict	|Atom-projected density of states|
-|stay_alive	|boolean	|Turn on/off stay alive|
-|debug	|int	|Set debug level (0=off, 10=extreme)|
-|deletenc	|boolean	|If the nc file exists, delete it (to ensure a fresh run). Default is False.|
 ===== Example =====
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 For example, it is possible to continue a geometry optimization with something like this:
+<code python>
 calc = Jacapo('old.nc', stay_alive=True)
 atoms = calc.get_atoms()
 dyn = QuasiNewton(atoms, logfile='qn.log')
 dyn.run(fmax=0.05)
+</code>
 Note, that the stay_alive flag is not stored in the .nc file and must be set when the calculator instance is created.
-Atom-projected density of states
+===== Atom-projected density of states =====
 To find the atom-projected density of states with Jacapo, first specify the ados dictionary in your calculator definition, as in:
+<code python>
 calc = Jacapo( ... ,
               ados={'energywindow': (-10., 5.),
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                     'npoints': 250,
                     'cutoff': 1.0})
+</code>
 After this is established, you can use the get_ados command to get the desired ADOS data. For example:
+<code python>
 energies, dos = calc.get_ados(atoms=[0],
                               orbitals=['d'],
                               cutoff='short',
                               spin=[0])
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+</code>
+© Copyright 2017, ASE-developers. Last updated on Wed, 22 May 2019 07:03:39.