@surface

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====== Ion123レコード→PDBファイル ======
Dacapo *.text中のIon123レコードだけの行からpdbファイルをつくる

  - Dacapoでつくったhogehoge.text中のIon123だけの行をhogehoge.dataとして保存する。
例)
  % grep Ion123 hogehoge.text > hogehoge.data

pdbファイルを作るためのスクリプトion2pdb
  #!/usr/bin/awk -f
  BEGIN{
    atom[1] = "H";
    atom[2] = "O";
    atom[3] = "CU";
    x0 =  7.68000000;
    y0 =  7.24077344;
    z0 = 18.00000000;
    t = 1.0;
    f = 0.0;
    nline = 0;
  }
 {
    nline ++;
    printf("ATOM %6d  %-3s THR%6d    ", $3, atom[$5], 1);
    printf("%8.3f%8.3f%8.3f%6.2f%6.2f\n", x0*$6, y0*$7, z0*$8, t, f);
  }
  END{
    printf("END\n");
  }

  % ion2pdb hogehoge.data > hogehoge.pdb

  - rasmolで確認
  % rasmol hogehoge.pdb