@surface

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====== 電子密度 ======
===== gettotaldensity スクリプト =====
==== 使い方 ====
<note warning >
出力ファイルに指定したファイル名のファイルが既にあるときは警告無しに上書きされてしまう！
</note>
<code sh>
$ gettotaldensity 
usage: gettotaldensity input_nc_file output_cube_file

options:
  -h, --help  show this help message and exit
$ 
</code>
Dacapoの出力であるNetCDFファイル(out.ncなど)を読み込み、電子密度（電荷密度）すなわち全存在確率密度（波動関数の自乗を占有数を重みにして総和をとったもの）をGaussian [[cube形式|cube形式]]でファイルに保存する。出力したファイルは直接、[[VESTA]], [[VMD]]で読み込むことができる。

  * [[script:gettotaldensity|ソースコード]]
  * [[makevestafileスクリプト|単位格子ベクトルが互いに直交しない場合のVESTAの問題]]


===== getdensity スクリプト =====
==== 使い方 ====
<note warning >
出力ファイルに指定したファイル名のファイルが既にあるときは問答無用で上書きされてしまう！
</note>
<code sh>
$ getdensity 
usage: getdensity [-i|-e] input_nc_file output_cube_file

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -iN K S, --indecies=N K S
                        density of N-th Band, K-th Kpoint, and S-th Spin state
  -eE1 E2, --energy=E1 E2
                        density of states with energies from E1[eV] to E2[eV]
$
</code> 
Dacapoの出力であるNetCDFファイル(out.ncなど)を読み込み、
  * ''--indecies=N K S''\\ 指定した量子数（N: バンド, K: 波数, S: スピン)の状態の存在確率密度（波動関数の自乗）を
  * ''--energy=E1 E2''\\ エネルギーがE1[eV]からE2[eV]の間にある状態の存在確率密度（波動関数の自乗）の和を
Gaussian [[cube形式|cube形式]]でファイルに保存する。出力したファイルは直接、[[VESTA]], [[VMD]]で読み込むことができる。

  * [[script:getdensity|ソースコード]]
  * [[makevestafileスクリプト|単位格子ベクトルが互いに直交しない場合のVESTAの問題]]