ab_initio:original
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ab_initio:original [2019/05/23 00:39] – [Restarting from an old calculation] kimi | ab_initio:original [2019/05/24 17:52] – [Jacapo calculator] kimi | ||
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- | ====== Jacapo | + | ====== Jacapo |
- | + | -- Dacapoに対するASEのpythonインターフェイス -- | |
- | https:// | + | このページは[[https:// |
===== Introduction ===== | ===== Introduction ===== | ||
- | + | JacapoはDacapoのためのASEのインターフェイスで、ASE((訳注:第3版))と完全な互換性がある。JacapoはNumeric pythonとASE第2版を用いていた古いDacapoインターフェイスを置き換えるものである。プログラムは元々John Kitchinによって開発され、詳細な説明書が多くの例題とともに[[http:// | |
- | + | JacapoはASEのオプション的な計算エンジンといった位置付けであり、前述の説明書とは若干の差異が生じているが、説明書自体もうメンテナンスをされていない。 | |
- | Jacapo | + | |
- | + | ||
- | http:// | + | |
- | + | ||
- | Jacapo | + | |
===== Jacapo calculator ===== | ===== Jacapo calculator ===== | ||
+ | JacapoインターフェイスはASEのインストールと同時に自動的にインストールされ、以下のように読み込むことができる: | ||
+ | <code python> | ||
+ | (ただし、Dacapoのインストール作業は必要である) | ||
- | + | ==== class ase.calculators.jacapo.Jacapo | |
- | The Jacapo interface is automatically installed with ase and can be imported using: | + | 計算エンジンを初期化するために必要なキーワード引数のリストを以下に示す。 |
- | + | ^キーワード引数^型^引数の意味^ | |
- | from ase.calculators.jacapo import Jacapo | + | |nc |文字列|出力用NetCDFファイル、既に存在するときには入力にも使われる| |
- | (You will need to have a working installation of Dacapo, however.) | + | |outnc |文字列|出力用NetCDFファイル、デフォルトではncと同一| |
- | + | ||atoms |オブジェクト|Atomsクラスオブジェクト| | |
- | class ase.calculators.jacapo.Jacapo | + | |pw |実数|波動函数に対するエネルギーカットオフ(eV単位)| |
- | Here is a list of available keywords to initialize the calculator: | + | |dw |実数|電荷密度に対するエネルギーカットオフ(eV単位)| |
- | + | |xc |文字列|交換相関汎関数、[‘PZ’, | |
- | ^keyword ^type ^description^ | + | |nbands |整数|固有状態の数| |
- | |nc |str |Output | + | |ft |実数|フェルミ温度| |
- | |outnc |str |Output file. By default equal to nc.| | + | |kpts |リスト|K点サンプルの指定、kpts = (2,2,1)等| |
- | ||atoms |object |Atoms | + | |spinpol |論理型|スピン分極計算の可否| |
- | |pw |float |Planewave cutoff in eV| | + | |fixmagmom |文字列|単位胞あたりの磁気モーメント| |
- | |dw |float |Density cutoff in eV| | + | |symmetry |論理型|対称性による計算機リソースの軽減の可否| |
- | |xc |str |Exchange-correlation functional. One of [‘PZ’, | + | |stress |論理型|応力計算の可否| |
- | |nbands |int |Number of bands| | + | |dipole |論理型|電気双極子補正の可否| |
- | |ft |float |Fermi temperature| | + | |ados |辞書|原子軌道に投影した状態密度計算移管する情報| |
- | |kpts |list |K-point grid, e.g. kpts = (2,2,1)| | + | |stay_alive |論理型|Turn on/off stay alive| |
- | |spinpol |boolean |Turn on/off spin-polarization| | + | |debug |整数|Set debug level (0=off, 10=extreme)| |
- | |fixmagmom |str |Magnetic moment of the unit cell| | + | |deletenc |論理型|If the nc file exists, delete it (to ensure a fresh run). Default is False.| |
- | |symmetry |boolean |Turn on/off symmetry reduction| | + | |
- | |stress |boolean |Turn on/off stress calculation| | + | |
- | |dipole |boolean |Turn on/off dipole correction| | + | |
- | |ados |dict |Atom-projected density of states| | + | |
- | |stay_alive |boolean |Turn on/off stay alive| | + | |
- | |debug |int |Set debug level (0=off, 10=extreme)| | + | |
- | |deletenc |boolean |If the nc file exists, delete it (to ensure a fresh run). Default is False.| | + | |
===== Example ===== | ===== Example ===== | ||
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Note, that the stay_alive flag is not stored in the .nc file and must be set when the calculator instance is created. | Note, that the stay_alive flag is not stored in the .nc file and must be set when the calculator instance is created. | ||
- | Atom-projected density of states | + | ===== Atom-projected density of states |
To find the atom-projected density of states with Jacapo, first specify the ados dictionary in your calculator definition, as in: | To find the atom-projected density of states with Jacapo, first specify the ados dictionary in your calculator definition, as in: |
ab_initio/original.txt · 最終更新: 2022/08/23 13:34 by 127.0.0.1