@surface - seminar http://sstweb.ee.ous.ac.jp/ 2026-06-14T15:07:58+00:00 @surface http://sstweb.ee.ous.ac.jp/ http://sstweb.ee.ous.ac.jp/lib/exe/fetch.php?media=wiki:logo.png text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 1次元w型ポテンシャル http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:1%E6%AC%A1%E5%85%83w%E5%9E%8B%E3%83%9D%E3%83%86%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%A3%E3%83%AB&rev=1661229272&do=diff 1次元W型ポテンシャル * ポテンシャル $$ V(x)=E_0\displaystyle\left[ \left(\frac{x}{x_0}\right)^4- \left(\frac{x}{x_0}\right)^2 \right] $$ * 力 $$ F_x=-\displaystyle\frac{\partial}{\partial x}V(x) =-\frac{E_0}{x}\displaystyle\left[ 4\left(\frac{x}{x_0}\right)^4- 2\left(\frac{x}{x_0}\right)^2 \right] $$ text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) abscissa実習 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:abscissa%E5%AE%9F%E7%BF%92&rev=1661229272&do=diff Abscissa実習 実習1 * 練習用データ1 sample.data をダウンロードして次のようなグラフを描く。 ポイント * 軸の名称 * 目盛とグリッドライン * フォントの種類と大きさ * 線の太さと色 実習2 * 練習用データ2から以下のように近似曲線（3次関数）を求め、データと近似曲線の両方をグラフにする。$$E(x)=E_0+\frac{1}{2}\alpha(x-a_0)^2+\frac{1}{6}\beta(x-a_0)^3$$$E_0$$a_0$$\Delta a=x-a_0$$\Delta E=E(x)-E_0$$a_0$$E_0$$x-a_0$$y-E_0$$x-a_0$$y-E_0$… text/html 2024-04-22T01:48:07+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) abscissa実習用データファイル http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:abscissa%E5%AE%9F%E7%BF%92%E7%94%A8%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB&rev=1713750487&do=diff 実習用データファイル 練習用データ1 [サンプルデータのダウンロード] 練習用データ2 [サンプルデータのダウンロード] text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) al_eos http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:al_eos&rev=1661229272&do=diff アルミニウム結晶の状態方程式（エネルギーの体積依存性） def get_fcc_unitcell(p): c = [( 0.0, p/2.0, p/2.0), (p/2.0, 0.0, p/2.0), (p/2.0, p/2.0, 0.0)] return c b = 4.05 from ase import Atom, Atoms from ase.calculators.jacapo import Jacapo bulk = Atoms([Atom('Al', (0, 0, 0))], pbc = True) para = {} para.update(kpts = (4, 4, 4)) para.update(nbands = 6) para.update(ft = 0.01) print 'Volume(A^3) Energy(eV)' for fraction in [0.9, 0.95, 1.0, 1.05, 1.1]: ncfile = 'bulkAl_%1.2f.nc' % fraction … text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) al結晶 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:al%E7%B5%90%E6%99%B6&rev=1661229272&do=diff アルミニウム結晶の電子状態計算 アルミニウム結晶は面心立方格子であり、その格子常数（上記のような立方体の単位格子をとったときの一辺）は0.40496nm(4.0496Å)である。原子間距離や面間隔を確認せよ。$$ \begin{array}{l} \vec{a}_1=(0,\,\displaystyle\frac{a_0}{2},\,\frac{a_0}{2})\\ \vec{a}_2=(\displaystyle\frac{a_0}{2},\,0,\,\frac{a_0}{2})\\ \vec{a}_3=(\displaystyle\frac{a_0}{2},\,\frac{a_0}{2},\,0)) \end{array} $$$$(1s)^2(2s)^2(2p)^6(3s)^2(3p)^1$$$2\times 2\times 2=8$$\vec{p}=\hbar\vec{k}=(0,0,0)$$$ \rho(\varepsilon)=\displaystyle\sum_{k}\delta(\varepsilon - \varepsilon_{k})$$$$ \begin{a… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) ase3jacapo http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:ase3jacapo&rev=1661229272&do=diff Atomic Scale Simulation Environment v.3/Jacapo Original document (created by PyDOC) Follows are created by pydoc from original documentation strings of the ase python source codes as: $ pydoc -w ase.atom $ pydoc -w ase.atoms $ pydoc -w ase.calculators.jacapo.jacapo text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) atoms_by_pydoc http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:atoms_by_pydoc&rev=1661229272&do=diff <html><head><title>Python: module ase.atoms</title> </head><body bgcolor=“#f0f0f8”> <table width=“100%” cellspacing=0 cellpadding=2 border=0 summary=“heading”> <tr bgcolor=“#7799ee”> <td valign=bottom>&nbsp;<br> <font color=“#ffffff text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) atoms_object http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:atoms_object&rev=1661229272&do=diff ase.atoms index /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ase/atoms.py Definition of the Atoms class. This module defines the central object in the ASE package: the Atoms object. Modules numpy ase.units warnings Classes __builtin__.object Atoms class Atoms(__builtin__.object) Atoms object. The Atoms object can represent an isolated molecule, or a periodically repeated structure. It has a unit cell and there may be periodic boundary conditions along any of the thr… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) atom_by_pydoc http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:atom_by_pydoc&rev=1661229272&do=diff <html> <table width=“100%” cellspacing=0 cellpadding=2 border=0 summary=“heading”> <tr bgcolor=“#7799ee”> <td valign=bottom>&nbsp;<br> <font color=“#ffffff” face=“helvetica, arial”>&nbsp;<br><big><big><strong><a href=“ase.html” text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) atom_object http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:atom_object&rev=1661229272&do=diff   ase.atom /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ase/atom.py This module defines the Atom object.   Modules * numpy * warnings   Classes          builtin.object Atom   class Atom(__builtin__.object)     Class for representing a single atom.   text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) bz http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:bz&rev=1661229272&do=diff 2次元ブリリュアンゾーン 実習1:正方格子の高次ブリリュアンゾーン * 正方格子について、第1ブリリュアンゾーンから第4ブリリュアンゾーンまでを描け。（解答例） 実習2:矩形格子の第2ブリリュアンゾーン text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) calcualtion http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:calcualtion&rev=1661229272&do=diff 表面科学におけるシミュレーション技法 表面科学の理論的研究でよく使われる研究技法はおおまかに 主に電子状態を扱う 主に原子の運動を扱う 現象論的模型計算 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) calculation http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:calculation&rev=1661229272&do=diff 表面科学におけるシミュレーション技法 表面科学の理論的研究でよく使われる研究技法はおおまかに 主に電子状態を扱う 主に原子の運動を扱う 現象論的模型計算 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) calendars http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:calendars&rev=1661229272&do=diff 時間割 2018年度春1期 9:10〜 10:55〜 13:15〜 15:00〜 16:45〜 月 　　輪講　　応用数学I　　 火 　　計算機実習電子物性特論　　　　 水 　　輪講　　教室会議 木 M1コロキウム text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) computer http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:computer&rev=1661229272&do=diff 計算機セミナー unix風cui環境の使い方 * loginとlogout * 基本的なコマンド 即席ヘビつかい講座 * Python簡単ガイド * データ構造 * 入出力 * 制御構造 * 関数・外部手続き * 関数値出力のプログラム * 一次元実数リストの作成 * y=f(x)型グラフの作成 * z=f(x, y)型グラフの作成 * f(x, y, z)型関数のグラフの作成 * 数値積分のプログラム * 構造因子のプログラム… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) co_dyn http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:co_dyn&rev=1661229272&do=diff 制限付き構造緩和 d = 1.1 from ase import Atoms box = Atoms(pbc = True) box.set_cell(cell = (4, 4, 4), scale_atoms = False) from ase import Atom box.append(Atom('C', (2, 2, 2), tag = 1)) box.append(Atom('O', (2 + d, 2, 2))) from ase.constraints import FixAtoms box.set_constraint(FixAtoms(mask=[atom.tag == 1 for atom in box])) from ase.calculators.jacapo import Jacapo solver = Jacapo('CO.nc', stay_alive = True, nbands = 10, atoms = box) from ase.optimize import QuasiNewton dyn = QuasiNewton(box) dy… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) co_mol http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:co_mol&rev=1661229272&do=diff 一酸化炭素分子 d = 1.1 from ase import Atoms box = Atoms(pbc = True) box.set_cell(cell = (4, 4, 4), scale_atoms = False) from ase import Atom box.append(Atom('C', (2, 2, 2))) box.append(Atom('O', (2 + d, 2, 2))) from ase.calculators.jacapo import Jacapo solver = Jacapo('CO.nc', nbands = 10, pw = 300, dw = 300) box.set_calculator(solver) print box.get_potential_energy() text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) co_opt http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:co_opt&rev=1661229272&do=diff 一酸化炭素分子の緩和 from ase import Atom, Atoms from ase.calculators.jacapo import Jacapo p1 = Atom('C', (2, 2, 2)) p2 = Atom('O', (2 + d, 2, 2)) box = Atoms([p1, p2], cell = (4, 4, 4), pbc = True) solver = Jacapo('CO.nc', stay_alive = True, nbands = 10, pw = 300, dw = 300) box.set_calculator(solver) from ase.optimize import MDMin dyn = MDMin(box, dt = 0.03) dyn.run(fmax = 0.05) text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) co分子の振動状態 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:co%E5%88%86%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8C%AF%E5%8B%95%E7%8A%B6%E6%85%8B&rev=1661229272&do=diff CO分子の振動状態 ポテンシャル面 $$ V(x_0, x_1)=\frac{1}{2}K(x_0-x_1)^2 $$ 力 $$ F_0=-\frac{\partial}{\partial x_0}V(x_0, x_1)=-K(x_0-x_1) $$ $$ F_1=-\frac{\partial}{\partial x_1}V(x_0, x_1)=K(x_0-x_1) $$ $$ \omega_0=\sqrt\frac{K}{m_0} $$ $$ \omega_1=\sqrt\frac{K}{m_1} $$ $$ K=m_0\omega_0^2=m_1\omega_1^2 $$ 運動方程式 $$ m_0\frac{d^2}{dt^2}x_0(t)=F_0=-K(x_0(t)-x_1(t)) $$ $$ m_1\frac{d^2}{dt^2}x_1(t)=F_1=K(x_0(t)-x_1(t)) $$ フーリエ展開 $$ x_0(t) = X_0(\omega)e^{-i\omega t} $$ $$ x_1(t) = X_1(\omega)e^{-i\ome… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) cu_bulk http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:cu_bulk&rev=1661229272&do=diff Band計算 スクラッチから計算する """ Make a bandstructure plot using the Harris functional. """ import sys from Dacapo import Dacapo from ASE import Atom,ListOfAtoms from ASE.Utilities.List import List import Numeric as num import os bulk = ListOfAtoms([Atom('Cu', (0, 0, 0))] ) a0_fcc = 3.61 b = a0_fcc/2. bulk.SetUnitCell([(0, b, b), (b, 0, b), (b, b, 0)]) calc = Dacapo() calc.SetBZKPoints((10,10,10)) # set the k-points Monkhorst-Pack calc.SetPlaneWaveCutoff(340) # planewavecutoff… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) dacapo_step_by_step http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:dacapo_step_by_step&rev=1661229272&do=diff 第一原理計算実習 未整理計算結果 第一原理計算は強力な道具ではあるが、決して万能ではない。常に、次のようなことに留意せよ。 第一原理計算の注意点 * エネルギーの絶対値は信用できない。異なる原子配置間のエネルギー差は結構信用できる。${x(t)}$${y(t)}$${K}$$$ E = \frac{1}{2}M\left( {\frac{{{\rm{d}}x}}{{{\rm{d}}t}}} \right)^2 + \frac{1}{2}m\left( {\frac{{{\rm{d}}y}}{{{\rm{d}}t}}} \right)^2 + \frac{1}{2}K\left( {x\left( t \right) - y\left( t \right)} \right)^2 $$$$ M\displaystyle\frac{{{\rm{d}}^2 }}{{{\rm{d}}t^2 }}x\left( t \right) = - K\left( {x\left( t \right) - y\left( t \right)} \right) \\ $$$$ m… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) fortran入門 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:fortran%E5%85%A5%E9%96%80&rev=1661229272&do=diff FORTRAN入門 Fortran 90 コンパイルと実行 * テキストエディタでソースプログラムを作成し、ソースプログラムを、f90という拡張子を持ったファイル名、すなわち○○○○.f90のような名前で保存する。 $\begin{array}{*{20}c}{f\left( x \right) = \sqrt x ,} & {\left( {0 \le x \le 10} \right)}\end{array}$$\begin{array}{*{20}c}{f\left( x \right) = \log |x+1| ,} & {\left( {-1 < x \le 10} \right)}\end{array} $$\begin{array}{*{20}c}{f\left( x \right) = x^2{\rm e}^{-x} ,} & {\left( {0 \le x \le 6} \right)}\end{array} $$\begin{array}{*{20}c}{f\left( x \right) = x^2{\rm e}^{-x^2} ,} & {\left(… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) graphene http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:graphene&rev=1661229272&do=diff 総合演習 グラフェンを例に、より詳しい計算の演習を行う。 計算の前に プログラムの概要 a0 = 2.461 # Lattice constant of Graphene from math import sqrt c1 = ( a0*sqrt(3.0)/2.0, a0/2.0, 0.0) c2 = (-a0*sqrt(3.0)/2.0, a0/2.0, 0.0) c3 = (0.0, 0.0, a0*8.0) # Height of 3D unit cell from ase import Atom atom1 = Atom('C', (1.0/3.0, 2.0/3.0, 0.5)) atom2 = Atom('C', (2.0/3.0, 1.0/3.0, 0.5)) from ase import Atoms box1 = Atoms([atom1, atom2], pbc = True) box1.set_cell([c1, c2, c3], scale_atoms = True) from ase.calculators.jaca… text/html 2024-05-06T05:08:07+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) graphics http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:graphics&rev=1714972087&do=diff ベクタグラフィックスの作成 実習1：グラフェンの原子配列 * Keynoteやdraw.ioをつかって以下のようなグラフェンの原子配列を描画する。 ポイント * グラデーション機能で陰影のある球を表現する text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) homebrew http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:homebrew&rev=1661229272&do=diff Homebrew macOS用パッケージマネージャー 2019年度からfinkに代わってHomebrewを使い始めました。 Install <https://brew.sh/index_ja> % /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" check % brew install wget brew install wget ==> Installing dependencies for wget: gettext, libunistring, libidn2 and openssl@1.1 ==> Installing wget dependency: gettext ==> Downloading https://homebrew.bintray.com/bottles/gettext-0.20.1.catalina.bot ==> Downloading from https://akamai.bintra… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) h_on_co http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:h_on_co&rev=1661229272&do=diff コバルト(0001)表面の水素原子吸着 from math import sqrt a = 2.5 c = 1.622*a a1 = (2*a, 0, 0 ) a2 = (a, a*sqrt(3), 0 ) a3 = (0, 0, 3*c) from ase import Atom, Atoms from ase.calculators.jacapo import Jacapo from ase.dft.kpoints import cc18_1x1 slab = Atoms(pbc = True) slab.append(Atom('Co', (0, 0, 0), magmom=1.6)) slab.append(Atom('Co', (1/2., 0, 0), magmom=1.6)) slab.append(Atom('Co', (0, 1/2., 0), magmom=1.6)) slab.append(Atom('Co', (1/2., 1/2., 0), magmom… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) h_on_co111 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:h_on_co111&rev=1661229272&do=diff コバルト(111)表面の水素吸着 コバルト(111)表面スラブ模型 from ASE import Atom d = 1./6 h = 1./6 atoms = [] atoms.append(Atom('Co', (0.0, 0.0, 0.0), magmom=1.6)) atoms.append(Atom('Co', (0.5, 0.0, 0.0), magmom=1.6)) atoms.append(Atom('Co', (0.0, 0.5, 0.0), magmom=1.6)) atoms.append(Atom('Co', (0.5, 0.5, 0.0), magmom=1.6)) atoms.append(Atom('Co', ( d, d, -h), magmom=1.6)) atoms.append(Atom('Co', (0.5 + d, d, -h), magmom=1.6)) atoms.append(Atom('Co', ( d, 0.5 + d, -h),… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) intranetにおける覚え書き http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:intranet%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%91%E3%82%8B%E8%A6%9A%E3%81%88%E6%9B%B8%E3%81%8D&rev=1661229272&do=diff Intranetにおける覚え書き 数値計算用ワークステーションの諸元 パフォーマンスはDacapoでイタレーション一回にかかる時間から求めた実測値 ssd1 HPC/Intel® Pentium®D 3.46GHz/8GB Memory ssh 192.168.10.81 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) ion123topdb http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:ion123topdb&rev=1661229272&do=diff Ion123レコード→PDBファイル Dacapo *.text中のIon123レコードだけの行からpdbファイルをつくる * Dacapoでつくったhogehoge.text中のIon123だけの行をhogehoge.dataとして保存する。 例) % grep Ion123 hogehoge.text > hogehoge.data text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) jacapo_by_pydoc http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:jacapo_by_pydoc&rev=1661229272&do=diff <html><head><title>Python: module ase.calculators.jacapo.jacapo</title> </head><body bgcolor=“#f0f0f8”> <table width=“100%” cellspacing=0 cellpadding=2 border=0 summary=“heading”> <tr bgcolor=“#7799ee”> <td valign=bottom>&nbsp;<br> <font color=$^1$$_0$$_0$$_0$$widthofgaussian*1.5^(n-1)$$n$$ ert&nbsp;G ert^2$$&lt;$$nbands=nvalence*0.65&nbsp;+&nbsp;4$ text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) jacapo_man http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:jacapo_man&rev=1661229272&do=diff Jacapoマニュアル Python interface to the Fortran DACAPO code 日本語旧版 コンストラクタ Initialize the Jacapo calculator __init__(self, nc = 'out.nc', outnc = None, deletenc = False, debug = 30, stay_alive = False, **kwargs) Parameters text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) jacapo_manj http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:jacapo_manj&rev=1661229272&do=diff Jacapo - ASE python interface for Dacapo はじめに Jacapoは完全にASE3互換なDacapo用ASE interfaceで、Numeric pythonやASE2を用いていた古いDacapo interfaceを置き換えるものになる。元々はJohn Kitchinが開発したもので text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) jacapo_object http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:jacapo_object&rev=1661229272&do=diff     ase.calculators.jacapo.jacapo index /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ase/calculators/jacapo/jacapo.py python module for ASE2-free and Numeric-free dacapo
 
U{John Kitchin<mailto:jkitchin@andrew.cmu.edu>} December 25, 2008
 
This module supports numpy directly.
 
* ScientificPython2.8 is required
 
 - this is the first version to use numpy by default.
 
see https://wiki.fysik.dtu.dk/stuff/nc/ for dacapo netcdf variable
documentation   Modules          ase.calculators.jacapo.changed exce… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) jacapo_ref http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:jacapo_ref&rev=1661229272&do=diff Jacapo Reference Python interface to the Fortran DACAPO code Constructor Initialize the Jacapo calculator __init__(self, nc='out.nc', outnc=None, deletenc=False, debug=30, stay_alive=False, **kwargs) Parameter keyword type text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) jacapo_sample http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:jacapo_sample&rev=1661229272&do=diff Jacapo Example These documents are parts of [dacapo/Examples] originally created by prof. O. H. Nielsen. They are translated into Japanese, transfered with [ase3]/[jacapo], and modified for students belong to this laboratory, by K. Kakitani. Contents * 一酸化炭素分子 (original title: CO molecule) text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) modeling http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:modeling&rev=1661229272&do=diff 原子配列の模型作成 実習1: VESTAを使って次の分子模型をつくる。 * CO * CO2 * SiH4 注意 Unit cellの情報は Structure: * System: Triclinic * Number: 1 * Std. symbol: P1 * Setting: 1 * Symbol: P1 に設定せよ。 text/html 2023-06-28T03:27:29+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) optimizing http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:optimizing&rev=1687922849&do=diff 構造最適化 Born-Oppenheimer近似 電子系のSchrödinger方程式、 $$ \mathcal{H}_{\mathrm{el}}(\{\vec{R}\})\Psi(\vec{r},\{\vec{R}\})=E(\{\vec{R}\})\Psi(\vec{r},\{\vec{R}\}) $$ のエネルギー固有値$E(\{\vec{R}\})$は原子核の運動に関するポテンシャルとしてはらたく。 したがって、原子核の運動に関するNewtonの運動方程式は $$ M_{I}\frac{\partial^2}{\partial t^2}\vec{R_I}=-\frac{\partial }{\partial \vec{R}_I}E(\{\vec{R}\})\equiv \vec{F}_{I} $$$I$$\vec{F}_{I}$$$ \frac{\partial }{\partial \vec{R}_I}E(\{\vec{R}\})=\left\langle\Psi(\vec{r},\{\vec{R}\})\middle|\frac{\partial }{\partial… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) parametersetting http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:parametersetting&rev=1661229272&do=diff Jacapoチュートリアル パラメータの設定 最も簡単な例 from ase import Atom, Atoms from ase.calculators.jacapo import Jacapo atom1 = Atom('C') atom2 = Atom('O', (1.1, 0, 0)) box1 = Atoms([atom1, atom2], cell = (5, 3, 3), pbc = True) calc1 = Jacapo(nbands = 6, atoms = box1) calc1.calculate() text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) plot_curvefit http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:plot_curvefit&rev=1661229272&do=diff Curve Fit Inspector This function allows you to fit data with some predefined functions or free defined functions. Fits are possible with up to 24 functions each with up to 5 free parameters. To start a fit two things are necessary. 1. the function(s) you will fit and 2. the start parameters for the function(s). Fitting will only work if the function you provide will match the data of your buffer otherwise the fit will not succeed and you will see an error message. Fitting work better the close… text/html 2024-07-19T00:24:28+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) python簡単ガイド http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:python%E7%B0%A1%E5%8D%98%E3%82%AC%E3%82%A4%E3%83%89&rev=1721348668&do=diff Python for beginners Pythonチュートリアル Level0 ここではGoogle Colaboratory上でちょっとした計算ができる程度の知識とスキルを手っ取り早く身につけるために必要な事項を紹介します。 説明のための説明 $=\sqrt{3}$ text/html 2023-12-07T07:42:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) reading http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:reading&rev=1701934945&do=diff はじめに [オンラインゼミ（Google Meet）] [オンラインゼミ（Google Meet）] 卒業研究の具体的な課題に入る前に、 * 英語で書かれた教科書や論文を読む練習 * 他者に自分の考えを説明する練習 として、A.Großの教科書 を輪読します。 [A. Groß, Theoretical Surface Science -- A Microscopic Perspective --, Springer-Verlag (2002) Berlin.] * 学部ゼミ生のための英文解釈講座 補足説明 $T$$H$$H$$T$$$ [H, T]=0 $$$$ HT-TH =0 $$$T$$$\langle\psi_j|HT|\psi_i\rangle - \langle\psi_j|TH|\psi_i\rangle =0$$$T$$$\langle\psi_j|H| T\psi_i\rangle - \langle T\psi_j|H|\psi_i\rangle =0$$$\psi_i$$\psi_j$$T$$T_i$$T_j$$$T_i\langle… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) remote http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:remote&rev=1661229272&do=diff リモートアクセス実習 実習1: CUI実習 * ターミナルを起動し、計算用サーバにリモートログインする。 * ターミナルからsshをつかってsstg1にログインする。 $ ssh t92d005@sstg1 sstg1:~$ * text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) sample.data http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:sample.data&rev=1661229272&do=diff サンプルデータ2 1.94 -0.61 2.05 -1.23 0.001 2.16 -1.65 0.002 2.27 -1.9 0.000 0.001 2.38 -2.12 0.01 0.2 0.5 2.49 -2.23 2.60 -2.27 2.70 -2.19 2.81 -1.97 2.92 -1.77 0.2 01 3.03 -1.38 3.14 -0.95 3.25 -0.47 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) sample_in.text http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:sample_in.text&rev=1661229272&do=diff サンプルデータ サンプルデータ1 T Beta B-factor Energy Specific Heat 0.01 100.0 3.72008E-44 -1.0000000 3.72008E-40 0.02491 40.14452027 3.67668E-18 -1.0000000 5.92528E-15 0.03982 25.11300854 1.24039E-11 -1.0000000 7.8227E-09 0.05473 18.27151471 1.16087E-08 -1.000000012 3.87553E-06 0.06964 14.35956347 5.80391E-07 -1.00000058 0.000119675 0.08455 11.82732111 7.3023E-06 -1.000007302 0.001021501 0.0… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) si_111_3x3-sn表面の原子配列 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:si_111_3x3-sn%E8%A1%A8%E9%9D%A2%E3%81%AE%E5%8E%9F%E5%AD%90%E9%85%8D%E5%88%97&rev=1661229272&do=diff Si(111)3x3-Sn表面の原子配列 * Si(111)表面 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) si_553_-au表面系の電子状態 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:si_553_-au%E8%A1%A8%E9%9D%A2%E7%B3%BB%E3%81%AE%E9%9B%BB%E5%AD%90%E7%8A%B6%E6%85%8B&rev=1661229272&do=diff Si(553)理想表面の原子配列 [Vesta用ファイル] [xyzファイル] Si(553)-1x2 Super-cell 課題1 セル内の原子をfccの単純基本格子ベクトル$\vec{a},\,\vec{b},\,\vec{c}$を使って $$ \vec{r}_n=h_{n}\vec{a}+k_{n}\vec{b}+\ell_{n}\vec{c} $$ のようにおく。まず、セル内の全ての原子について$(h_{n},\,k_{n},\,\ell_{n})$を求めよ。 課題2 スーパーセルの基本格子ベクトル$\vec{A},\,\vec{B},\,\vec{C}$$$ \begin{array}{rcl} \vec{A}&=&2(\vec{b}-\vec{a})\\ \vec{B}&=&L(\vec{a}+\vec{b})\\ \vec{C}&=&u\vec{a}+v\vec{b}+w\vec{c} \end{array} $$$(u,\,v,\,w)$${L}$$$ \vec{r}_n=\alpha_n\vec{A}+\beta_n\vec{B}+\gamma_n\v… text/html 2022-08-25T05:42:34+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) si単位系 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:si%E5%8D%98%E4%BD%8D%E7%B3%BB&rev=1661406154&do=diff SI単位系 SI単位系 国際単位系, MKSA単位系ともいう。 SI基本単位 次元 単位 名称 長さ* m メートル 質量* kg キログラム 時間* s 秒 電流* A アンペア 温度 K ケルビン text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) slabmodel http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:slabmodel&rev=1661229272&do=diff Si(111)スラブ模型 3×3の大きさの(111)面を6層(3二重層)重ねたスラブ模型のListOfAtomsオブジェクトをつくる。 from math import sqrt from Numeric import array ############################################ dh = 1.48 # Si-H bond length b = 2.35 # Si-Si bond length ############################################ c = b*4/sqrt(3) # lattice constant of cubic cell a = c/sqrt(2) # side of triangle in (111) plane d = b + b/3 # separation of double layers along [111] direction ############################################ N… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) stm http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:stm&rev=1661229272&do=diff STM像のシミュレーション Al(111) with Octave # Save this file as Al111.py. from ase.lattice.surface import fcc111 atoms = fcc111('Al', size=(1, 1, 2)) atoms.center(vacuum=4.0, axis=2) atoms.pbc=True from ase.calculators.jacapo import Jacapo calc = Jacapo(nbands = 10, kpts = (4, 4, 1), atoms = atoms) energy = atoms.get_potential_energy() print energy from ase.dft.stm import STM stm = STM(atoms) z = 8.0 bias = 1.0 c = stm.get_averaged_current(bias, z) x, y, h = stm.scan(bias, c, repeat=(3, 5)) print '#… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) tex_on_iwork http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:tex_on_iwork&rev=1661229272&do=diff Pages/Keynoteで使えるLaTeXコマンド Environments \begin{matrix} a_{11} & a_{12} & a_{13}\\ a_{21} & a_{22} & a_{23} \end{matrix} $$\begin{matrix} a_{11} & a_{12} & a_{13}\\ a_{21} & a_{22} & a_{23} \end{matrix}$$ \begin{pmatrix}p_{11}&p_{12}\\p_{21}&p_{22}\end{pmatrix}, \begin{bmatrix}b_{11}&b_{12}\\b_{21}&b_{22}\end{bmatrix}, \begin{Bmatrix}B_{11}&B_{12}\\B_{21}&B_{22}\end{Bmatrix}, \begin{vmatrix}v_{11}&v_{12}\\v_{21}&v_{22}\end{vmatrix}, \begin{Vmatrix}V_{11}&V_{12}\\V_{21}&V_{22}\end{Vmatrix} $… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) unicode_symbol_translation http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:unicode_symbol_translation&rev=1661229272&do=diff Unicode symbol translation in math mode SymbolUnicodeTranslated as$\lnot$000000AC\lnot text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) units http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:units&rev=1661229272&do=diff Jacapoに用いる単位 長さ * オングストローム（Å）を用いる。（必須） * 1 [Å] = 0.1 [nm] = 1.0x10-10 [m] 質量 * 原子質量単位（u: 12Cの質量の12分の1）を用いる。（推奨） from ase import Atom carbon = Atom('C') carbon.get.mass() # <-- 12.010999999999999 $\hbar$$k_{\rm B}$$\hbar/e^2$$t_0$$\hbar/eV$$i_0$$e/(\hbar/eV)$$/t_0$$1 uÅ /t_0^2$$1 /t_0$$1V \times t_0/Å^2$$i_0/Å$$1V \times t_0/i_0$ text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) unix基本コマンド http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:unix%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89&rev=1661229272&do=diff unix基本コマンド 無駄なプログラムの殺し方 [yokoya@sstd1 ~]$ ps -ux USER PID %CPU %MEM VSZ RSS TTY STAT START TIME COMMAND yokoya 3634 0.0 0.0 39356 1596 tty1 S Dec16 0:00 -tcsh yokoya 9365 95.7 2.9 263724 236000 tty1 S 06:33 639:39 /usr/bin//dacapo_ yokoya 10138 0.0 0.0 24652 3300 tty1 S 17:13 0:00 python ./script93 yokoya 10203 31.8 3.7 429276 300048 tty1 R 17:24 5:19 /usr/bin//dacapo_ yokoya 10213 29.7 3.5 429284 287124 ? R 17:24 4:51 /u… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) web_seminar http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:web_seminar&rev=1661229272&do=diff 計算機セミナー 春学期の間、毎週1回、研究室の計算機環境の使い方を実習します。当研究室では通常業務にはApple社のMacintoshシリーズとMac OS Xを使用します。世間で広く使われている某OSと某Officeは使用しない text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) その他 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%81%9D%E3%81%AE%E4%BB%96&rev=1661229272&do=diff オプショナル * Omni Graffle Professional（描画） * MathType（数式入力） * LaTeXiT（数式表示） text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) アカウント http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%82%A2%E3%82%AB%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%88&rev=1661229272&do=diff アカウント 計算機を使用するときに用いるユーザ名(ログイン名, ユーザIDなどとも呼ぶ）とパスワードの組合せをアカウント(もしくはアカウント情報)と称します。研究室で皆さんにお渡しするアカウントには何種類かあります。 text/html 2023-04-11T01:33:50+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) アプリケーションいろいろ http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%82%A2%E3%83%97%E3%83%AA%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%81%84%E3%82%8D%E3%81%84%E3%82%8D&rev=1681176830&do=diff 必須アプリケーション Apple純正 * [ Pages] Pages（ワードプロセッサ） * Numbers（表計算） * Keynote（プレゼンテーション） App Store * CotEditor（テキストエディタ）（メーカーサイト) * Cyberduck（ファイル転送）(free版） 非App Store text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) アンサンブル平均 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%82%B5%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%AB%E5%B9%B3%E5%9D%87&rev=1661229272&do=diff アンサンブル平均 物理量の期待値 $M$を系の状態の数、 $u_j$を状態$j$の実現する確率、 $A_j$を状態$j$が実現しているときの物理量$A$の値とすると、物理量$A$の期待値は $$ \left\langle A \right\rangle = \displaystyle\sum_{j=0}^{M-1}u_j A_j $$ によって与えられる。 状態の実現する確率 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) エネルギーカットオフ http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%82%A8%E3%83%8D%E3%83%AB%E3%82%AE%E3%83%BC%E3%82%AB%E3%83%83%E3%83%88%E3%82%AA%E3%83%95&rev=1661229272&do=diff カットオフエネルギーには波動関数に対するカットオフエネルギーと電荷密度に対するカットオフエネルギーとがある。 それぞれ >> c1 = Dacapo() のように生成したDacapoオブジェクトに対して text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) グラファイトの単位胞と基本格子ベクトル http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8D%98%E4%BD%8D%E8%83%9E%E3%81%A8%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%A0%BC%E5%AD%90%E3%83%99%E3%82%AF%E3%83%88%E3%83%AB&rev=1661229272&do=diff グラファイトの単位胞と基本格子ベクトル 実習2-2：基本格子ベクトルの大きさを求めよ $|\vec{a}|=|\vec{b}|={\rm X.XX} $Å text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) シミュレーションの単位 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%81%AE%E5%8D%98%E4%BD%8D&rev=1661229272&do=diff シミュレーションに用いる単位 SI基本単位 長さ 定性的な扱いをする場合、表面の二次元単位格子の格子常数を長さの単位に採ることが多い。 定量的な計算では、主にオングストローム（0.1 [nm] = 1.0x10$\hbar$$k_{\rm B}$$\hbar/e^2$$t_0$$\hbar/eV$$i_0$$e/(\hbar/eV)$$/t_0$$1 uÅ /t_0^2$$1 /t_0$$1V \times t_0/Å^2$$i_0/Å$$1V \times t_0/i_0$ text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) スクリプト_主にシェルスクリプト_を作るスクリプト http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%97%E3%83%88_%E4%B8%BB%E3%81%AB%E3%82%B7%E3%82%A7%E3%83%AB%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%97%E3%83%88_%E3%82%92%E4%BD%9C%E3%82%8B%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%97%E3%83%88&rev=1661229272&do=diff シェルスクリプトを作るスクリプト 問題 解答 $ mv koredakewakesanaide.text /tmp/koredakewakesanaide.text $ rm * $ mv /tmp/koredakewakesanaide.text . いやだからね、これはあくまで、いわゆる、「問題のための問題」ってやつで「シェルスクリプトを作るスクリプト」の例を説明するための問題なのよ。 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) ダイアモンド構造 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%83%80%E3%82%A4%E3%82%A2%E3%83%A2%E3%83%B3%E3%83%89%E6%A7%8B%E9%80%A0&rev=1661229272&do=diff ダイアモンド構造 硅素(シリコン; Si)とゲルマニウム(Ge)の結晶はダイアモンド構造をとる。 炭素(C)がこの構造のように配列したものが、ダイヤモンドである。 基本格子ベクトル 立法晶の単位格子を形成する基本格子ベクトル（$\vec{c_1}$$\vec{c_2}$$\vec{c_3}$$\vec{a_1}$$\vec{a_2}$$\vec{a_3}$\[ \begin{array}{rcl} \vec{a}_1&=&\frac{1}{2}\vec{c}_2+\frac{1}{2}\vec{c}_3\\ \vec{a}_2&=&\frac{1}{2}\vec{c}_1+\frac{1}{2}\vec{c}_3\\ \vec{a}_3&=&\frac{1}{2}\vec{c}_1+\frac{1}{2}\vec{c}_2 \end{array} \]\[ \begin{array}{rcl} \vec{c}_1&=&-\vec{a}_1+\vec{a}_2+\vec{a}_3\\ \vec{c}_2&=& \vec{a}_1-\vec{a}_2+\vec{a}_3\\ \ve… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) データの抽出 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E6%8A%BD%E5%87%BA&rev=1661229272&do=diff スクリプト言語入門 データの抽出 awk実習 Lesson 1 データがsample_in.textという名前のファイルに T Beta B-factor Energy Specific Heat 0.01 100.0 3.72008E-44 -1.0000000 3.72008E-40 0.02491 40.14452027 3.67668E-18 -1.0000000 5.92528E-15 0.03982 25.11300854 1.24039E-11 -1.0000000 7.8227E-09 ....... ....... ....... ....... ....... ....... ....... ....... ....... ....... ....... ....... … text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) トラブルシュート http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%96%E3%83%AB%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%88&rev=1661229272&do=diff トラブルシュート 「その他のユーザでログイン」が出ない * サーバがとりあえず見たところ動作していることを確かめる。 * マシンがネットにケーブルで繋がっていることを確認する。 text/html 2023-03-01T06:09:57+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) プログラミング実習 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%9F%E3%83%B3%E3%82%B0%E5%AE%9F%E7%BF%92&rev=1677650997&do=diff プログラミング実習 実用データ処理 データを処理する際のちょっとしたテクニック Keep It Simple Stupid. スクリプト（主にシェルスクリプト）を作るスクリプト スクリプトで有効に使えるTips * unixコマンド * grep * sort * uniq * リダイレクション text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) ベクトルの外積_ベクトル積 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%83%99%E3%82%AF%E3%83%88%E3%83%AB%E3%81%AE%E5%A4%96%E7%A9%8D_%E3%83%99%E3%82%AF%E3%83%88%E3%83%AB%E7%A9%8D&rev=1661229272&do=diff ベクトルの外積（ベクトル積） ベクトル$\vec{A}=(A_x,\,A_y,\,A_z)$と$\vec{B}=(B_x,\,B_y,\,B_z)$の間のベクトルの外積（ベクトル積）$\vec{A}\times\vec{B}$の計算。 $\vec{C}\equiv(C_x,\,C_y,\,C_z)=\vec{A}\times\vec{B}$とおくと $$C_x=A_yB_z-A_zB_y$$ あとは$x\rightarrow y,\,y\rightarrow z,\,z\rightarrow x$の置き換えを実行すれば $$ \begin{array}{l} C_x=A_yB_z-A_zB_y\\ C_y=A_zB_x-A_xB_z\\ C_z=A_xB_y-A_yB_x \end{array} $$ となる $$ \begin{array}{r} C_x = A_yB_z-A_zB_y\\ x\rightarrow y\\ y\rightarrow z\\ z\rightarrow x \end{array} $$… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) モデルa http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%83%A2%E3%83%87%E3%83%ABa&rev=1661229272&do=diff モデルA 隣接原子と「ばね」で繋がった原子の運動 * ハミルトニアン： $$ {\cal H}=\displaystyle\sum_{i,j}\frac{1}{2}m v_{i,j}^2 +\sum_{i,j}\frac{1}{2}k\left[ \left(\right)^2+ \left(\right)^2 \right] $$ * : 原子の質量 * : サイト(i,j)の原子の速度 * : 力の定数 * : サイト(i,j)の原子の平衡位置からの変位 * ポテンシャルエネルギー： text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) モデルb http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%83%A2%E3%83%87%E3%83%ABb&rev=1661229272&do=diff モデルB 正方格子状の外場の中の原子の運動 * ハミルトニアン： * : 原子の質量 * : 原子iの速度 * : サイトエネルギー (負の値をとる) * : 原子iのx座標 * : 原子iのy座標 * : 格子定数 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) モデルc http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%83%A2%E3%83%87%E3%83%ABc&rev=1661229272&do=diff モデルC 正方格子状に並んだ下地原子と相互作用する原子の運動 * ハミルトニアン： * : 原子の質量 * : 原子iの速度 * : 原子iと原子jの間の相互作用 * : すべてのi,jの組み合わせに対する和 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) モースポテンシャル http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%83%9D%E3%83%86%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%A3%E3%83%AB&rev=1661229272&do=diff モースポテンシャル * $V(x_0)=0$バージョン$$ V(x)=V_0(1-e^{-\lambda(x-x_0)})^2 $$ * $V(\infty)=0$バージョン$$ V(x)=V_0(e^{-2\lambda(x-x_0)}-2e^{-\lambda(x-x_0)}) $$ text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) リアルな系の実装 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%83%AA%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%81%AA%E7%B3%BB%E3%81%AE%E5%AE%9F%E8%A3%85&rev=1661229272&do=diff リアルな系の実装 * 速度の初期値（Maxwell-Boltzmann分布） * 実験の単位と計算の単位 * 周期境界条件 実習 * 初期速度の実装 * 周期境界条件の実装 課題 * 乱数列によって1000個の粒子の速度を決定し、度数分布図を作成して実際にMaxwell-Boltzmann分布になっていることを確かめる。 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) リモートアクセス http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E3%83%AA%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%88%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%82%BB%E3%82%B9&rev=1661229272&do=diff リモートアクセス sshでつなぐ $ ssh -l ユーザー名 ssp4 ユーザー名@ssp4's password: ←パスワードを入れる Last login: Tue Dec 16 15:48:25 2008 [ユーザー名@ ssp4 ~]$ ls al.py CO.nc co.py CO.txt ic81.cshrc ic81.shrc [ユーザー名@ ssp4 ~]$ python co.py restarting dacapo .. . . . [ユーザー名@ ssp4 ~]$ ls @3789.1 CO.nc co.py CO.txt.bak ic81.shrc stop al.py CO.nc.bak CO.txt ic81.cshrc script3789.py [ユーザー名@ ssp4 ~]$ rm script3789.py [ユーザー名@ ssp4 ~]$ exit logout Connection to ssp4 closed. $… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 一酸化炭素 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E4%B8%80%E9%85%B8%E5%8C%96%E7%82%AD%E7%B4%A0&rev=1661229272&do=diff 一酸化炭素の計算 実習1 * 結合エネルギーをエレクトロンボルト単位で求める。 * 前回の実習を参照し、分子のエネルギーをJacapoで計算する。 * （結合エネルギー）＝（分子のエネルギー）ー（原子のエネルギーの和）$-$$-$$-$$-$$0.8$$1.8$ text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 三角格子のブルリュアンゾーン http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E4%B8%89%E8%A7%92%E6%A0%BC%E5%AD%90%E3%81%AE%E3%83%96%E3%83%AB%E3%83%AA%E3%83%A5%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%82%BE%E3%83%BC%E3%83%B3&rev=1661229272&do=diff 三角格子のブルリュアンゾーン 実格子 [実格子] 逆格子 [逆格子] ブリリュアンゾーンの主な対称点 [対称点] 上記の逆格子の図とは座標軸の方向と基本格子ベクトルの取り方が異なるので注意。 問題 * $\bar{\Gamma}-\bar{K}$ライン$\bar{\Gamma}-\bar{M}$$\bar{K}-\bar{M}$ text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 三角格子の第1ブリリュアンゾーン http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E4%B8%89%E8%A7%92%E6%A0%BC%E5%AD%90%E3%81%AE%E7%AC%AC1%E3%83%96%E3%83%AA%E3%83%AA%E3%83%A5%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%82%BE%E3%83%BC%E3%83%B3&rev=1661229272&do=diff 三角格子の第1ブリリュアンゾーン text/html 2025-02-03T09:22:29+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 卒研ゼミ http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E5%8D%92%E7%A0%94%E3%82%BC%E3%83%9F&rev=1738574549&do=diff 卒研ゼミ掲示板 輪読 卒業研究I（春学期）の間、<fc #ff0000>毎週2回</fc>、表面科学に関する教科書の輪読を行います。 固体理論研究室計算機セミナー 卒業研究I（春学期）の間、<fc #ff0000>毎週1回</fc>、研究室の計算機環境の使い方を実習します。 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 原子配列の可視化 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E5%8E%9F%E5%AD%90%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AE%E5%8F%AF%E8%A6%96%E5%8C%96&rev=1661229272&do=diff 原子配列の可視化 * jmol 使用するソフトウェア * Rasmol * Jmol * iMol * Molden * VMD * VESTA xyzファイル * Dacapo.text中のIon123だけの行からxyzファイルをつくる PDBファイル * Dacapo.text中のIon123だけの行からpdbファイルをつくる text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 原子間距離と面間距離 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E5%8E%9F%E5%AD%90%E9%96%93%E8%B7%9D%E9%9B%A2%E3%81%A8%E9%9D%A2%E9%96%93%E8%B7%9D%E9%9B%A2&rev=1661229272&do=diff 原子間距離と面間距離 格子常数$a_0$4.0496Å立方体の一辺$a_0$4.0496Å正方形の対角線$b_0=\sqrt{a_0^2+a_0^2}=\sqrt{2}a_0$5.7270Å立方体の対角線$c_0=\sqrt{a_0^2+a_0^2+a_0^2}=\sqrt{3}a_0$7.0141Å最隣接原子間距離$b_0/2=a_0/\sqrt{2}$2.8635Å111格子面間隔$c_0/3=a_0/\sqrt{3}$2.3380Å 最隣接原子間距離>111格子面間隔になることに注目 text/html 2022-10-21T05:40:53+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 参考文献の書き方 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E5%8F%82%E8%80%83%E6%96%87%E7%8C%AE%E3%81%AE%E6%9B%B8%E3%81%8D%E6%96%B9&rev=1666330853&do=diff 参考文献の書き方 * 参考文献は卒業論文作成時に参照したものと全く同じものを他者が後から参照することが可能な情報を書きます。特に重要な情報は著者名と出版年です。その意味からWikipediaをはじめとするWebコンテンツを参考文献として挙げることはできません。最初のとっかかりとしてネットの情報を検索することは重要ですが、必ず一次資料としての出版物（原著論文）か二次資料としての書籍（単行本もしくは辞典）を挙げてください。… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 周期境界条件 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E5%91%A8%E6%9C%9F%E5%A2%83%E7%95%8C%E6%9D%A1%E4%BB%B6&rev=1661229272&do=diff 周期境界条件 実際の系はほとんど無限に大きいが、計算機ではそのように大きな系は扱うことが難しい。しかし、小さな有限系での計算では境界の影響が無視できない程大きくなる。そこで、小さな系の一方の境界が、その系の反対側の境界と繋がっていると考える。このようにして小さな系によって擬似的に無限に大きな系を扱うことができる。 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 基本操作 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%93%8D%E4%BD%9C&rev=1661229272&do=diff 基本操作 Macintosh OSXやLinuxの基本操作 * リモートアクセス * 共有フォルダへのアクセス Macintosh(Mac OS X)入門 * Macintoshの設定 * 研究室のネットワーク * マックの基本操作 * システムの起動／フォルダ作成／移動／複製／削除／システムの終了 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 数値積分のプログラム http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E6%95%B0%E5%80%A4%E7%A9%8D%E5%88%86%E3%81%AE%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0&rev=1661229272&do=diff $$ S=\displaystyle\int_a^bx^3{\rm d}x $$ program prog1 implicit none real(8):: a, b integer:: N integer:: i real(8):: dx, S, x real(8):: getFval ! print '(A$)', 'Input a, b, N: ' read (*, *) a, b, N !!!! 積分区間の上限と下限と分割数を入力する ! dx = (b - a)/dble(N) ! S = getFval(a)*0.5d0 do i = 1, N - 1 x = a + dble(i)*dx S = S + getFval(x) end do S = S + getFval(b)*0.5d0 S = S*dx print *, S ! stop end program prog1 ! function getFval(x) result(y) implicit none real… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 数学 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E6%95%B0%E5%AD%A6&rev=1661229272&do=diff 数学 「シュレディンガー方程式は計算機が解いてくれる」という諸君の立場からすると、卒業研究で表面科学を学習する上で必要になるのは量子力学や電子物性工学よりもむしろ平面ベクトルや空間ベクトルの知識、しかも具体的に座標や成分を代入しての計算能力である。ここでは、そういったベクトル解析や線型代数学の内容をアラカルト的に記述する。 text/html 2023-04-12T01:56:02+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 数式の書き方 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E6%95%B0%E5%BC%8F%E3%81%AE%E6%9B%B8%E3%81%8D%E6%96%B9&rev=1681264562&do=diff Blahtex manual PagesやKeynoteの挿入＞方程式…やGoogle Colaboratoryで数式を書くときは$\LaTeX$の形式で書くことになる。ここではBlahtexのmanualを基に簡単な数式の書き方を説明する。 Environment \begin{matrix} a&b\\ c&d \end{matrix} $\begin{matrix}a&b\\c&d\end{matrix}$$\begin{pmatrix}a&b\\c&d\end{pmatrix}$$\begin{bmatrix}a&b\\c&d\end{bmatrix}$$\begin{Bmatrix}a&b\\c&d\end{Bmatrix}$$\begin{vmatrix}a&b\\c&d\end{vmatrix}$$\begin{Vmatrix}a&b\\c&d\end{Vmatrix}$$\varphi(x)=\begin{cases}\mathrm{e}^{\lambda x}&(x<0)\\\mathrm{e}^{-\lambda x}&(x\ge 0)\end{cas… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 未整理計算結果 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E6%9C%AA%E6%95%B4%E7%90%86%E8%A8%88%E7%AE%97%E7%B5%90%E6%9E%9C&rev=1661229272&do=diff a = 4.0 d = 1.1 a1 = (a, 0, 0) a2 = (0, a, 0) a3 = (0, 0, a) v1 = (0.5, 0.5, 0.5) v2 = (0.5 + d/a, 0.5, 0.5) from ASE import Atom p1 = Atom('C', v1) p2 = Atom('O', v2) from ASE import ListOfAtoms s1 = ListOfAtoms([p1, p2]) s1.SetUnitCell([a1, a2, a3]) from Dacapo import Dacapo c1 = Dacapo() c1.SetBZKPoints((1, 1, 1)) c1.SetPlaneWaveCutoff(300) c1.SetDensityCutoff(400) c1.SetNumberOfBands(10) c1.SetNetCDFFile('sample1.nc') c1.SetTxtFile('sample1.text') s1.SetCalculator(c1) e1 = s1.GetPotentia… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 構造因子のプログラム http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E6%A7%8B%E9%80%A0%E5%9B%A0%E5%AD%90%E3%81%AE%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0&rev=1661229272&do=diff C PROGRAM SQUARE IMPLICIT REAL*8(A-H, O-Z) PARAMETER(NDIM =50) PARAMETER(NDIM2 = NDIM*NDIM) PARAMETER(PI =3.1415926D0) PARAMETER(SML = 0.1D-5) DIMENSION FF(0:NDIM, 0:NDIM) DIMENSION XX(0:NDIM), YY(0:NDIM) DIMENSION RX(0:NDIM2), RY(0:NDIM2) DIMENSION PX(0:NDIM, 0:NDIM), PY(0:NDIM, 0:NDIM) C C ***** INPUT ATOM POSITION WITHIN A CELL ***** C READ(5,*) NLAT, AA, NG WRITE(6,2010) NLAT 2010 FORMAT('# LATTICE SIZE='… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 正方格子の高次ブリリュアンゾーン http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E6%AD%A3%E6%96%B9%E6%A0%BC%E5%AD%90%E3%81%AE%E9%AB%98%E6%AC%A1%E3%83%96%E3%83%AA%E3%83%AA%E3%83%A5%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%82%BE%E3%83%BC%E3%83%B3&rev=1661229272&do=diff 正方格子の高次ブリリュアンゾーン text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 波動関数 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E6%B3%A2%E5%8B%95%E9%96%A2%E6%95%B0&rev=1661229272&do=diff 波動関数の描画 実習1 一酸化炭素の計算 * 前々回の実習を参考にCOの全エネルギー計算を実行する * 箱の大きさをちょっと大きめにする。 * 計算する状態の個数をちょっと多めにする。 * 出力ファイル名を指定して実行する text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 波動関数描画用ファイルの作り方 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E6%B3%A2%E5%8B%95%E9%96%A2%E6%95%B0%E6%8F%8F%E7%94%BB%E7%94%A8%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AE%E4%BD%9C%E3%82%8A%E6%96%B9&rev=1661229272&do=diff VESTAファイル作成法 Dacapoの出力ncファイルから波動関数可視化のためのVESTA用ファイルの作成。スーパーセルが斜方晶の場合にはcubeファイルを直接VESTA.appに読み込ませればよい。 * 適当なディレクトリを作り、そこにncファイルをコピーする text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 温度制御の方法 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E6%B8%A9%E5%BA%A6%E5%88%B6%E5%BE%A1%E3%81%AE%E6%96%B9%E6%B3%95&rev=1661229272&do=diff 温度制御の方法 小正準集団と正準集団 小正準集団 系を粒子数一定、全エネルギー一定として取り扱う。真空中の粒子の運動などはこの方法によって取り扱うのが便利である場合が多い。温度は1自由度当たりの運動エネルギーの2倍の平均値として求められる。${T}$$T_c$${\vec{v}'}_j={\vec{v}}_j\displaystyle\sqrt{\frac{T_c}{T}}$${\vec{v}}_j$$T_c$${M}$${K}$$k_{\rm B}T=\displaystyle\frac{2}{M}\langle K \rangle$$k_{\rm B}$… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 矩形格子の第2ブリリュアンゾーン http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E7%9F%A9%E5%BD%A2%E6%A0%BC%E5%AD%90%E3%81%AE%E7%AC%AC2%E3%83%96%E3%83%AA%E3%83%AA%E3%83%A5%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%82%BE%E3%83%BC%E3%83%B3&rev=1661229272&do=diff 矩形格子の第2ブリリュアンゾーン text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 研究室の機器 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E7%A0%94%E7%A9%B6%E5%AE%A4%E3%81%AE%E6%A9%9F%E5%99%A8&rev=1661229272&do=diff 研究室の機器 皆さんが使用できる機器は次のとおりです。自由に使って構いませんが、節度とルールは守って下さい。 人数分用意されているiMac 物理的に壊さない限り自由に使って良い。 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 紙の大きさ http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E7%B4%99%E3%81%AE%E5%A4%A7%E3%81%8D%E3%81%95&rev=1661229272&do=diff 用紙短辺長辺42インチ 1067 B0 1030 1456 36インチ 914 A0 841 1189 B1 728 1030 24インチ 610 A1 594 841 B2 515 728 17インチ 432 A2 420 594 B3 364 515 A3 297 420 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 計算の種類 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=seminar:%E8%A8%88%E7%AE%97%E3%81%AE%E7%A8%AE%E9%A1%9E&rev=1661229272&do=diff 計算の種類 卒業研究では、Dacapoを用いて * 全エネルギー計算 * 構造最適化計算 * バンド構造計算 の三種類の第一原理計算を行います。 全エネルギー計算 原子の座標を入力し、系の電子(価電子)の全エネルギーを計算します。原子に働く力の計算は行いますが、力を計算するだけで原子を動かすことはしません。一点計算とも呼びます。この計算により、