@surface - linux

apache_install

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Webサーバの構築 Apache 2 のインストール kimi@sstxp:~$ sudo ufw app list [sudo] password for kimi: Available applications: OpenSSH $ sudo apt install apache2 . . . $ sudo ufw app list Available applications: Apache Apache Full Apache Secure OpenSSH $

bind_install

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

DNSサーバの構築最近のトレンドは権威サーバとキャッシュサーバの分離。KVMで2台DNSサーバ立てることにするとそれぞれ単体で設定すればよいので、その方が単純かつセキュア。（まあ、単純なものほどセキュアなものだが）というのはわかっているのだけれど、もうこの歳になると覚えた時のようにやらないとどうもうまくいかない。三子の魂百までなのか雀百まで踊り忘れずなのかはよくわからんが。…

bootの掃除

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Ubuntu serverで/bootパーティションがいっぱいになってしまったときの対処 $ df Filesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on udev 8144248 4 8144244 1% /dev tmpfs 1631148 1004 1630144 1% /run /dev/dm-0 213461240 3452184 199142780 2% / none 4 0 4 0% /sys/fs/cgroup none 5120 0 5120 0% /run/lock none 8155728 0 8155728 0% /run/shm none 102400 0 102400 0% /run/us…

bulk_adduser

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

ユーザー一括登録 ubuntuを使う場合はadduser+chpasswdにより、研究室の学生程度なら簡便な方法でユーザーの一括登録ができる。 $ sudo adduser --disabled-login --gecos GECOS t21d001 $ sudo adduser --disabled-login --gecos GECOS t22d004 $ sudo adduser --disabled-login --gecos GECOS t23d008 $ sudo chpasswd t21d001:平文パスワード t22d004:平文パスワード t23d008:平文パスワード ^D $

bulk_useradd

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

ユーザー一括登録 adduserコマンド+chpasswdコマンド ubuntuを使う場合はadduser+chpasswdにより、研究室の学生程度なら簡便な方法でユーザーの一括登録ができる。 $ sudo adduser --disabled-login --gecos GECOS t21d001 $ sudo adduser --disabled-login --gecos GECOS t22d004 $ sudo adduser --disabled-login --gecos GECOS t23d008 $ sudo chpasswd t21d001:平文パスワード t22d004:平文パスワード t23d008:平文パスワード ^D $

centos7でサーバ構築

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

インストール * CentOS 7 ミニマルをUSBメモリに焼き付けてインストール * yumのアップデート $ sudo yum -y update [sudo] password for kimi: 読み込んだプラグイン:fastestmirror Loading mirror speeds from cached hostile . . . $ MariaDBの設定 $ sudo yum -y install mariadb mariadb-libs mariadb-server $ sudo vi /etc/my.cnf $ sudo systemctl enable mariadb.service Created symlink from /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/mariadb.service to /usr/lib/systemd/system/mariadb.service. $ sudo systemctl start mariadb.service $ sudo mysql_s…

clear_dns_cache

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-29T08:20:56+00:00

Tips and Chips DNSキャッシュの削除 macOS $ sudo killall -HUP mDNSResponder

common_info

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-24T07:21:13+00:00

共通設定ホスト名の設定システムのホスト名や関連する設定を照会・変更できるhostnamectlというコマンドがある。（Ubuntu 22.04.1 LTSで確認） $ hostnamectl Static hostname: sstx Icon name: computer-laptop Chassis: laptop Machine ID: 0435c0d2684641d491ef7a8c69295556 Boot ID: f964fbe42b7a4e429f37c304c53674a7 Operating System: Ubuntu 22.04.1 LTS Kernel: Linux 5.15.0-46-generic Architecture: x86-64 Hardware Vendor: Micro-Star International Co., Ltd. Hardware Model: GF63 Thin 10SCXR $…

dhcp_install

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

DHCPサーバの構築 dhcpdのインストールインストールはapt一発。（Ubuntu Serverの場合） $ sudo apt install isc-dhcp-server 設定ファイル等は/etc/dhcp以下に収められている。（Ubuntu 22.04.1 LTSで確認）

dokuwiki_install

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T06:56:08+00:00

Dokuwikiのインストール Officialサイトからダウンロードしたtarボールを、apache2のデフォルトのドキュメントルートと同じ階層に展開し、ドキュメントルートをDokuwikiのディレクトリに設定する。

etc_netplan

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Tips for Linux System 固定IPv4アドレスにサーバの運用は固定IPアドレスで行うのが普通。そこで固定IPアドレスを設定する。 ubuntu-20.04.2の場合は # This is the network config written by 'subiquity' network: ethernets: enp3s0: addresses: - 192.168.10.4/24 gateway4: 192.168.10.254 nameservers: addresses: - 192.168.10.1 search: - ee.ous.ac.jp version: 2

fedora

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Fedora Fedora 10でつくるシミュレーション環境 LiveCDから起動後、デスクトップのアイコンからHDDにインストール。再起動後、SELinuxを無効にすること。

fink

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Finkによる環境構築 * finkインストールの前にXcodeがインストールされていることを確認する。Xcodeがインストールされていない場合はApp Storeからダウンロードしてインストールしでおく。

hostnamectl

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Tips for Linux System Control the system hostname システムのホスト名や関連する設定を照会・変更できるhostnamectlというコマンドがある。（Ubuntu 22.04.1 LTSで確認） $ hostnamectl Static hostname: sstx Icon name: computer-laptop Chassis: laptop Machine ID: 0435c0d2684641d491ef7a8c69295556 Boot ID: f964fbe42b7a4e429f37c304c53674a7 Operating System: Ubuntu 22.04.1 LTS Kernel: Linux 5.15.0-46-generic Architecture: x86-64 Hardware Vendor: Micro-Star International Co., Ltd. Ha…

info_linux

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-24T07:14:41+00:00

Setting Up Linux Environment * ブータブルusbメディアの作成 * 共通設定 Server side * Installation of Ubuntu Server * KVM (Kernel-based Virtual Machine) on Ubuntu Server * DHCPサーバの構築 * DNSサーバの構築 * メールサーバの構築 * Webサーバ(LAMPサーバ)の構築 * Dokuwikiのインストール * MathTeXのインストール * WordPressのインストール * Spam Assassinのインストール On the Desktop * Ubuntu日本語RMIXのインストール * Ubuntu 15.10 Desktop 日本語 Remix のインストール ===== * CD-ROMイメージをからダウンロードしてきて…

jmolのインストール

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Jmolのインストール * 事前にJREをインストールしておくこと。 * ダウンロードサイト(SourceForge.net)からダウンロードする。 * 書庫を解凍し、作成されたディレクトリを適当なところにコピー。 $ tar zxvf jmol-11.6.14-binary.tar.gz $ sudo cp -r jmol-11.6.14 /usr/local/etc/ $ sudo ln -s /usr/local/etc/jmol-11.6.14/jmol.sh /usr/local/bin/jmol

jreのインストール

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Javaの導入「アプリケーション」の「追加と削除」からJavaの実行環境とWebブラウザのPlug-inを導入しておく。 Sun Java 6 Runtime Sun Java(TM) Runtime Environment (JRE) 6 (architecture dependent files) Sun Java 6.0 Plugin

kvm_info

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Kernel-based Virtual Machine KVMのインストール以下の記事を参考にubuntuサーバにKVMをセットアップする。 * * * 仮想化機能の有無の確認 $ egrep -c '(vmx|svm)' /proc/cpuinfo $ sudo kvm-ok * パッケージのインストール * ブリッジの作成仮想マシンの操作 * 仮想マシンの作成とOSのインストール $ qemu-img create -f qcow2 images/template.qcow2 80G $ virt-install --name=template --disk=images/template.qcow2,bus=virtio --vcpus=2 --ram=2048 --graphics vnc,passw…

kvm_install

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

KVMのインストール Step 1: 仮想化機能の有無の確認 $ egrep -c '(vmx|svm)' /proc/cpuinfo 12 $ sudo apt install cpu-checker $ sudo kvm-ok INFO: /dev/kvm exists KVM acceleration can be used $ Step 2: パッケージのインストール

logind_conf

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-29T08:21:55+00:00

Tips and Chips 蓋をしてもスリープしない Laptop PC is an affordable server with UPS! but ... * BIOS Boot USB Hard Disk #HandleLidSwitch= suspend #HandleLidSwitchExternalPower= suspend #HandleLidSwitchDocked= suspend を HandleLidSwitch=ignore HandleLidSwitchExternalPower=ignore HandleLidSwitchDocked=ignore

lsb_release

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Tips for Linux System ubuntuのバージョンを知る方法 unameでは $ uname -a Linux sstw 5.15.0-46-generic #49-Ubuntu SMP Thu Aug 4 18:03:25 UTC 2022 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux のようにLinuxのカーネルのバージョンはわかるがUbuntuのバージョンはわからない。

mathtex_install

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

MathTeXのインストール今となっては[MathJax]があれば全て幸せということなのだが、不幸せの種は尽きないわけでMathTeXやらmimeTeXはいつでも有効。というわけでここではMathTeXをインストールしてみよう。 $\TeX$$\LaTeX$

netcdf

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

NetCDF http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/ $ tar zxvf ~/archive/netcdf-fortran-4.2.tar.gz $ cd netcdf-fortran-4.2 $ ./configure --prefix=/usr/local $ make $ make -n install $ sudo make install $ ls /usr/local/lib libnetcdff.a libnetcdff.so libnetcdff.so.5.3.1 libnetcdff.la libnetcdff.so.5

postfix_install

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

メールサーバの構築今回は旧学科メールサーバからの転送を受け取るだけのサーバを立てることにする。 * Postfix（SMTPサーバ） * dovecot（imapサーバ） Postfixのインストールインストールは

rasmolのインストール

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

RasMolの導入と設定 Ubuntu8.10の場合Rasmolはアプリケーションの追加と削除でインストールすることができる。「アプリケーション」メニューから「追加と削除」を起動し、「Education」カテゴリの「すべての利用可能なアプリケーション」で「rasmol」を検索すると、

server_install

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Ubuntu Server のインストール * インストールメディアの用意 * CD-ROMイメージをからダウンロードしてきてCD-Rを焼き、CD−RからPCを起動し、後はインストーラの指示に従う。（BIOS設定でCD/DVDドライブから起動できるようにするのを忘れずに）（最近はCD/DVDドライブついてないからUSBメモリースティックだね。Macで起動USBメモリ作る場合は「

spam_assassin

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Spam Assassin Spam Assassinのインストール $ sudo apt-get install spam assassin spamc $ sudo groupadd spamd $ sudo useradd -g spamd -s /bin/false -d /var/log/spamassassin spamd $ sudo mkdir /var/log/spamassassin $ sudo chown spamd:spamd /var/log/spamassassin

ssh_keygen

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-29T08:21:07+00:00

Tips and Chips sshが機器の変更に気付いたら sshで WARNING: POSSIBLE DNS SPOOFING DETECTED! とか WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! とかいうときは $HOME/.ssh/known_hosts を編集するか $ ssh-keygen -R HOST名

ubuntu

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Ubuntu でつくるシミュレーション環境 * Ubuntu 9.0.4 のインストール * システムを最新の状態にする * アップデートマネージャを何度かかけておく * Numeric Python version 24.2.

ubuntu_server

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Ubuntu Serverでつくるシミュレーション環境 Ubuntu Server 12.04.3 のインストール * CD-ROMイメージをからダウンロードしてきてCD-Rを焼き、CD−RからPCを起動し、後はインストーラの指示に従う。（BIOS設定でCD/DVDドライブから起動できるようにするのを忘れずに）（最近はCD/DVDドライブついてないからUSBメモリースティックだね。Macで起動USBメモリ作る場合は「…

ubuntu_server2

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Ubuntu Serverによる計算サーバ Ubuntu Server 12.04.3 のインストール * ブータブルusbメディアの作成 Ubuntu Serverのインストールを行っておく。必要なソフトウェアのインストール ubuntuサーバをインストールしただけの状態では $ cc プログラム 'cc' は以下のパッケージで見つかりました: * gcc * clang * pentium-builder * tcc 次の操作を試してください: sudo apt-get install <選択したパッケージ> $ make プログラム 'make' はまだインストールされていません。次のように入力することでインストールできます: sudo apt-get install make $ gfortran プログラム 'gfortran' はまだインストールされていません。次のように入力することでインストールできます: sudo apt-get install gfortran…

ubuntuのインストール

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Ubuntuのインストールシステムのアップデート LiveCDからHDDへのインストールが終了したらまずアップデートマネージャを起動して基本システムのアップデートを行っておく。この作業には、ターゲットの計算機がネットに接続されていることが必要。Webブラウザを起動するなりなんなりして確認しておくこと。もちろんこのページを見ながらやっているという場合には問題無し。…

usage_of_systemctl

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

systemctlの使い方 Apacheを例にsystemctlの使用例を以下に挙げる * サービスの停止 $ sudo systemctl stop apache2 * サービスの起動 $ sudo systemctl start apache2 * サービスの停止後、再開 $ sudo systemctl restart apache2

virtualbox

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

VirtualBox w/Ubuntu Server VirtualBoxのインストール VirtualBox * Oracleのオフィシャルサイトから適切なPlatformのOracle VM VirtualBox Base PackageをDownloadする * Mac OS X (64-bit)の場合、ダウンロードしたdmg Imageをダブルクリックしてマウントし、Virtualbox.pkgファイルをオープンすればよい

virtual_machine_control

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Kernel-based Virtual Machine 仮想マシンの削除 $ virsh list --all Id Name State --------------------------- 5 ssp0 running - template shut off $ virsh undefine template Domain template has been undefined $ virsh list --all Id Name State ---------------------- 5 ssp0 running $

virtual_machine_install

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Kernel-based Virtual Machine ubuntu server 20.04インストール * ハードディスクイメージの作成 $ qemu-img create -f qcow2 images/template.qcow2 80G Formatting 'images/template.qcow2', fmt=qcow2 size=85899345920 cluster_size=65536 lazy_refcounts=off refcount_bits=16

webserver

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Linux環境構築（Webサーバ編）

wordpress_install

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

WordPressのインストール Download and Extract $ wget https://ja.wordpress.org/latest-ja.zip $ unzip latest-ja.zip $ sudo cp -r ~/wordpress /var/www/html/ Setting Database $ mysql -u root -p Enter password: Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g. Your MySQL connection id is 9 Server version: 5.7.22-0ubuntu0.16.04.1 (Ubuntu) Copyright (c) 2000, 2018, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved. Oracle is a registered trademark of Oracle Corporation and/or its affiliates. …

ネットワーク設定の変更

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

ネットワーク設定の変更インストールはdhcpで行なったが、サーバの運用は固定IPアドレスで行うのが普通。そこで固定IPアドレスを設定する。最近のシステムではネットワークの設定は

仮想マシンのクローン化

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Kernel-based Virtual Machine 仮想マシンのクローン化 $ virt-clone --original template --name sstxp --file images/sstxp.qcow2 ubuntu@template:~$ hostnamectl Static hostname: template Icon name: computer-vm Chassis: vm Machine ID: d7a1d3b5bea6410bae792841027c0735 Boot ID: ee7f7c9a95f84c6393387267791fffaf Virtualization: kvm Operating System: Ubuntu 20.04.2 LTS Kernel: Linux 5.4.0-66-generic Architecture: x86-64 ubuntu@template:~$ hostnam…

基本環境

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

基本開発環境メニューのシステム＞システム管理＞Synaptic パッケージ・マネージャから次のものをインストールする。 * gfortran * gfortran-4.3 * libgfortran3 * lapack * libatlas3gf-base *

新規ユーザの作成

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

新規ユーザの作成と設定ずっとインストール時に設定した管理者用ログイン名で作業するのは面倒なので自分用のアカウントを作成する。 $ sudo useradd -m kimi [sudo] password for sstlab: $ ここでは「kimi」というログイン名のユーザを作成している。

環境の構築

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

計算環境の構築 * 一般的な開発環境(言語 + 可視化) * 第一原理計算(ASE2 + Dacapo) * 第一原理計算(ASE2 + Dacapo)簡易マニュアル * Fedora 10 でつくるシミュレーション環境 * Ubuntu 9.0.4 でつくるシミュレーション環境 * Ubuntu Server 12.04.3 でつくるシミュレーション環境 * VirtualBoxにUbuntu Serverをインストール unixコマンド Macintosh OSX * Xcode 3.1.2を入手 * Fink * Fink でインストール可能なもの * molden, Visualization program of molecular and electronic structure * rasmol, Molecular graphics visualisation tool…

第一原理計算環境の構築

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

第一原理計算環境の構築ここでは、Ubuntu 8.10をインストールしたAT互換機に第一原理計算パッケージ(Dacapo)を導入する手順を説明する。 Dacapoパッケージは * ASE2 (Atomic scale Simulation Environment version 2) python スクリプト集

計算環境の構築

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

Linuxのインストール * ubuntuのインストール * 基本開発環境 * RasMolのインストール * JREのインストール * Jmolのインストール * ImageJ ASEに必要なソフトウェア * Python 2.2以上 * full netcdf the package (containing required netcdf.h file) * Numeric Python 24.2. * Scientific Python 2.4.11 ubuntuでは、Synapticパッケージマネージャでpython-scientific

計算結果の可視化

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

計算結果の可視化結晶構造・原子配列結晶や分子を構成している原子の配列を可視化する場合、原子の種類とその座標をxyzファイルフォーマットで保存しておくと、Jmol, iMol, RasMolといったアプリケーションを使って描画することができる。pdbファイルも同様に使えるが、xyzファイルのほうが圧倒的に易しいのでこっちをつかう。

追加ソフトウェアの導入

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-08-23T04:34:32+00:00

アプリケーションの追加と削除 RasMol (GTK version) Visualize biological macromolecules RasMol is a molecular graphics program intended for the visualisation of proteins, nucleic acids and small molecules. The program is aimed at display, teaching and generation of publication quality images. The program reads in a molecule coordinate file and interactively displays the molecule on the screen in a variety of colour schemes and molecule representations. Currently available representations include depth-cued…