http://sstweb.ee.ous.ac.jp/ 2026-04-18T16:53:39+00:00 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/ http://sstweb.ee.ous.ac.jp/lib/exe/fetch.php?media=wiki:logo.png text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=dacapo_demo:program2&rev=1661229272&do=diff from ASE import Atom, ListOfAtoms orange = ListOfAtoms([Atom('C', (2, 2, 2))], cell = (4, 4, 4)) orange.append(Atom('O', (2 + 1.1, 2, 2))) from Dacapo import Dacapo peach = Dacapo(nbands = 8) orange.SetCalculator(peach) peach.Calculate() from ASE import Atom, ListOfAtoms orange = ListOfAtoms([Atom('C', (2, 2, 2))], cell = (4, 4, 4)) orange.append(Atom('O', (2 + 1.1, 2, 2))) from Dacapo import Dacapo peach = Dacapo(nbands = 8) orange.SetCalculator(peach) banana = open('cherry.text', 'w') fo… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=dacapo_demo:result1&rev=1661229272&do=diff ''------------------------------------------------------------------'' ''>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> MAIN LOOP ITERATION 12 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<'' ''------------------------------------------------------------------'' '' DAM: 9 0.000021'' '' damden: setup new d-matrix'' '' TR1 -591.604035 248.736992 -488.577027 -325.552757 41.354807 0.000000 -181.275787 6.706970 -132.837268 0.000000 -591.604035 -591.604035 0.000000'' EXC -135.533879 -138.881891 … text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=dacapo_demo:ssh1&rev=1661229272&do=diff sstlab$ ssh -l kimi ssp1 kimi@ssp1's password: Last login: Mon Feb 15 15:14:02 2010 from 192.168.10.139 ssp1% ls CO GeSi Seminar downloaded misc semi yoko Desktop GeSn demo dp sample.py temp ssp1% cat sample.py from ASE import Atom, ListOfAtoms model = ListOfAtoms([Atom('C', (2, 2, 2))], cell = (4, 4, 4)) model.append(Atom('O', (2 + 1.1, 2, 2))) from Dacapo import Dacapo c = Dacapo(nbands = 10) model.SetCalculator(c) c.Calculate() ssp1% python sample.py Ru… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=dacapo_demo:step1&rev=1661229272&do=diff Step 1: プログラムの作成 一酸化炭素(CO)の計算をするプログラムをつくってみよう。ただし、プログラムの中で果物の名前が使われているところは別の名前に置き換えてもかまわないところだよ。 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=dacapo_demo:step2&rev=1661229272&do=diff Step 2: プログラムの転送 作ったプログラムは、残念ながらマッキントッシュの上では実行できないんだ。そこで、ネットワークを経由してプログラムをあっちにあるワークステーションに送るよ。ワークステーションってのは基本的にはそこら辺のパソコンと同じようなもんなんだけれど歴史的な理由からワークステーションと呼ばれているんだ。ただし、オペレーティングシステムはマクロソフトのウィンドウスなんとかではなくってlinuxって呼ばれているオペレーティングシステムが動いているんだ。… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=dacapo_demo:step3&rev=1661229272&do=diff Step 3: プログラムのリモート実行 早速あっちのワークステーションに転送したプログラムを実行しよう。でも、あのワークステーションのところまで行く必要はないよ。このMacintoshからリモートコントロールするんだ。Terminal.appっていうソフト text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=dacapo_demo:step4&rev=1661229272&do=diff Step 4:COの計算結果 それでは計算結果を見てみよう。量子力学の方程式を解いて手に入る答えは、「電子物性の基礎」でやったように電子のエネルギーと波動関数だったね。出力ファイルはout.ncとout.textだ。out.ncの方には波動関数から何から計算結果が全部入っているんだけど、波動関数の方は関数を三角関数で表したときの前の係数、そう「応用数学II」でやったフーリエ展開の展開係数で保存されているんだ。だからデータの量が膨大になるんで人間が読む事ができるような形式、そういうのをテキスト形式っていうんだけど、人間が読めるテキスト形式ではなくて、計算機が扱いやすい形式、そういうのをバイナリ形式っていうんだけど、そのバイナリ形式になっているんだ。out.textの方に、計算結果を手短にまとめたものがテキスト形式で書かれているのでこっちを見てみよう。手短に纏めたっていっても結構大きなファイルだから一部だけをここに出しとくね。…