http://sstweb.ee.ous.ac.jp/ 2026-06-14T18:08:54+00:00 http://sstweb.ee.ous.ac.jp/ http://sstweb.ee.ous.ac.jp/lib/exe/fetch.php?media=wiki:logo.png text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=ab_initio:dacapo_tutorial:lesson0&rev=1661229272&do=diff デモンストレーション Table of Contents ---------- Step 1 CotEditorでCOの第一原理計算を行うプログラムを作成 Step 2 Cyberduckでプログラムを転送 Step 3 sshでプログラムをリモート実行 Step 4 Cyberduckで計算結果を転送 Step 5 getdosで状態密度を計算 Step 6 Cyberduckで状態密度の計算結果を転送 Step 7 Abscissaで状態密度をプロット text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=ab_initio:dacapo_tutorial:lesson1&rev=1661229272&do=diff Lesson 1 : はじめてのDacapo $ python Python 2.6.2 (release26-maint, Apr 19 2009, 01:56:41) [GCC 4.3.3] on linux2 Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> from ASE import Atom, ListOfAtoms >>> from Dacapo import Dacapo >>> text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=ab_initio:dacapo_tutorial:lesson2&rev=1661229272&do=diff Lesson 2 : 「変数」を使う from ASE import Atom, ListOfAtoms x = ListOfAtoms([Atom('C'), Atom('O', (0, 0, 1.0))], cell = (5, 5, 5)) from Dacapo import Dacapo y = Dacapo(nbands = 6) x.SetCalculator(y) y.Calculate() a0 = 5.0 box0 = (a0, a0, a0) r1 = (0.0, 0.0, 0.0) r2 = (0.0, 0.0, 1.0) from ASE import Atom atom1 = Atom('C', r1) atom2 = Atom('O', r2) molecule0 = [atom1, atom2] from ASE import ListOfAtoms model0 = ListOfAtoms(molecule0, cell = box0) from Dacapo import Dacapo method0 = Dacapo(nbands… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=ab_initio:dacapo_tutorial:lesson3&rev=1661229272&do=diff Lesson 3 : スクリプトとして実行する #!/usr/bin/env python # -*- coding: iso-8859-15 -*- # この行（↑）を入れることにより日本語(UTF-8)でコメントを入れることができるようになる # 単位格子ベクトル（長さの単位はÅ） a1 = (5.0, 0.0, 0.0) a2 = (0.0, 5.0, 0.0) a3 = (0.0, 0.0, 5.0) # 単位格子 box1 = [a1, a2, a3] # 原子の位置（単位格子に対する相対座標） r1 = (0.50, 0.50, 0.50) # 炭素原子（単位格子の中央） r2 = (0.72, 0.50, 0.50) # 酸素原子（0.72 = 0.5 + 1.1Å/5.0Å） from ASE import Atom atom1 = Atom('C', r1) atom2 = Atom('O', r2) molecule1 = [] molecule1.append(atom1) # molecule1 = [atom1, atom2]でもよいが、 m… text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=ab_initio:dacapo_tutorial:lesson4&rev=1661229272&do=diff Lesson 4 : VESTAで分子軌道を描く text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=ab_initio:dacapo_tutorial:lesson5&rev=1661229272&do=diff Lesson 5 : 結晶の計算 text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=ab_initio:dacapo_tutorial:lesson6&rev=1661229272&do=diff Lesson 6 : Abscissaで状態密度を描く text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=ab_initio:dacapo_tutorial:lesson7&rev=1661229272&do=diff Lesson 7 : VESTAで電荷密度を描く text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=ab_initio:dacapo_tutorial:lesson8&rev=1661229272&do=diff Lesson 8 : 力の方向に原子を動かす text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=ab_initio:dacapo_tutorial:lesson9&rev=1661229272&do=diff Lesson 9 : Jmol/iMolでアニメーション text/html 2022-08-23T04:34:32+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://sstweb.ee.ous.ac.jp/doku.php?id=ab_initio:dacapo_tutorial:lesson10&rev=1661229272&do=diff Lesson 10 : バンド図を描く