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software:vmd
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====== Visual Molecular Dynamics ====== ===== ダウンロード ===== * [[http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/|オフィシャルサイト]] ===== インストール ===== <code sh> $ tar zxvf vmd-1.8.6.bin.LINUX.opengl.tar.gz $ cd vmd-1.8.6/ $ ./configure $ cd src $ sudo make install </code> <note> インストールされるvmdコマンドは実はcshのシェルスクリプト。実行には当然cshが必要だが、ubuntu8.10にはデフォルトではcshが入っていない。 $ sudo apt-get install tcsh などとしてcshもインストールしておくこと。 </note> ===== トラブルシューティング ===== <code> $ vmd </code> で起動しようとすると一瞬何かしらの窓(実はvmdのコンソールである)が開くものの、すぐにプログラムが終了してしまう。こんなときは、 <code> $ vmd --help /usr/local/lib/vmd/vmd_LINUX: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory </code> のようなオプションをつけてみるとよい。((これは別にヘルプが表示されるのを期待しているわけではなく、標準出力に何かを書かせようとしてみるという意味。))標準動的ライブラリがないようだ。検索には''apt-cache''を使う。 <code> $ apt-cache search libstdc++ lib64stdc++6 - The GNU Standard C++ Library v3 (64bit) lib64stdc++6-4.2-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files) lib64stdc++6-4.3-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files) libgmp3-dev - Multiprecision arithmetic library developers tools libstdc++6 - The GNU Standard C++ Library v3 libstdc++6-4.1-doc - The GNU Standard C++ Library v3 (documentation files) libstdc++6-4.2-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files) libstdc++6-4.2-dev - The GNU Standard C++ Library v3 (development files) libstdc++6-4.2-doc - The GNU Standard C++ Library v3 (documentation files) libstdc++6-4.3-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files) libstdc++6-4.3-dev - The GNU Standard C++ Library v3 (development files) libstdc++6-4.3-doc - The GNU Standard C++ Library v3 (documentation files) libstdc++6-4.3-pic - The GNU Standard C++ Library v3 (shared library subset kit) lib64stdc++6-4.1-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files) libstdc++5 - The GNU Standard C++ Library v3 libstdc++6-4.1-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files) libstdc++6-4.1-dev - The GNU Standard C++ Library v3 (development files) libstdc++6-4.1-pic - The GNU Standard C++ Library v3 (shared library subset kit) libstdc++6-4.2-pic - The GNU Standard C++ Library v3 (shared library subset kit) </code> libstdc++5をインストールしておく。 <code> $ sudo apt-get install libstdc++5 </code> これでvmdが起動するようになった。
software/vmd.txt
· 最終更新: 2022/08/23 13:34 by
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