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====== リモートアクセス実習 ====== ===== 実習1: CUI実習 ===== - ターミナルを起動し、計算用サーバにリモートログインする。{{ :seminar:fetch-5.php.png?798 |}} - ターミナルからsshをつかってsstg1にログインする。<code sh> $ ssh t92d005@sstg1 sstg1:~$ </code> * 学番は自分のを使う(末尾のイニシャルは不要) * パスワードは白板のアレ - sshの終了の仕方<code sh> sstg1:~$ exit $ </code> ===== sstg1側でpythonを起動 ===== <code python> sstg1:~$ python Python 2.7.3 (default, Sep 26 2013, 20:03:06) [GCC 4.6.3] on linux2 Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> from ase import Atoms >>> box1 = Atoms(cell = (4.0, 4.0, 4.0), pbc = True) >>> from ase import Atom >>> box1.append(Atom('C', (2.0, 2.0, 2.0))) >>> box1.append(Atom('O', (3.1, 2.0, 2.0))) >>> from ase.calculators.jacapo import Jacapo >>> solver1 = Jacapo(nbands = 6) >>> box1.set_calculator(solver1) >>> solver1.calculate() >>> print box1.get_total_energy() -591.604035353 >>> exit() sstg1:~$ </code> <code python> sstg1:~$ python Python 2.7.3 (default, Sep 26 2013, 20:03:06) [GCC 4.6.3] on linux2 Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> a1 = (4.0, 0.0, 0.0) >>> a2 = (0.0, 4.0, 0.0) >>> a3 = (0.0, 0.0, 4.0) >>> from ase import Atoms >>> box1 = Atoms(cell = [a1, a2, a3], pbc = True) >>> v1 = (2.0, 2.0, 2.0) >>> v2 = (3.1, 2.0, 2.0) >>> from ase import Atom >>> atom1 = Atom('C', v1) >>> atom2 = Atom('O', v2) >>> box1.append(atom1) >>> box1.append(atom2) >>> from ase.calculators.jacapo import Jacapo >>> solver1 = Jacapo(nbands = 6) >>> box1.set_calculator(solver1) >>> solver1.calculate() >>> print box1.get_total_energy() -591.604035353 >>> exit() sstg1:~$ </code> ===== CotEditを使ってMac側にco.pyを作成 ===== <code python> from ase import Atoms a1 = (4.0, 0.0, 0.0) a2 = (0.0, 4.0, 0.0) a3 = (0.0, 0.0, 4.0) box1 = Atoms(cell = [a1, a2, a3], pbc = True) from ase import Atom v1 = (2.0, 2.0, 2.0) atom1 = Atom('C', v1) v2 = (3.1, 2.0, 2.0) atom2 = Atom('O', v2) box1.append(atom1) box1.append(atom2) from ase.calculators.jacapo import Jacapo solver1 = Jacapo(nbands = 6) box1.set_calculator(solver1) solver1.calculate() print box1.get_total_energy() </code> - co.pyをsstg1にCyberDuckを使って転送\\ {{ :seminar:fetch-6.php.png?400 |}} - co.pyをsstg1で実行<code sh> sstg1:~$ ls Examples co.py sstg1:~$ python co.py -591.604035353 sstg1:~$ ls Examples co.data co.py out.nc out.txt </code>実行する前に既にout.ncが存在するとうまく実行できないことがあるので、既にout.ncが存在しているときは、先にout.ncを削除する。<code sh> sstg1:~$ ls Examples co.data co.py out.nc out.txt sstg1:~$ rm out.nc sstg1:~$ ls Examples co.data co.py out.txt </code> ===== 実習2 ===== * 以下の分子についても計算をしてみよ。 - CO - CO<sub>2</sub> - H<sub>2</sub>O - NH<sub>3</sub> - CH<sub>4</sub> - SiH<sub>4</sub> ==== 注意 ==== * 箱の大きさは若干大きめにした方がよい * ''nbands''の大きさは以下の価電子数を参考に決めよ ^元素名^元素記号^原子番号(全電子数)^価電子数^ | 水素 | H | 1 | 1 | | 窒素 | N | 5 | 3 | | 炭素 | C | 6 | 4 | | 酸素 | O | 8 | 6 | | シリコン | Si | 14 | 4 | (価電子数の合計÷2)+アルファ === 例 === CO -> 4+6 = 10 -> 10/2 = 5 -> 5+x = 8
seminar/remote.txt
· 最終更新: 2022/08/23 13:34 by
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