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ab_initio:dacapo簡易マニュアル
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====== ase3 + jacapo簡易マニュアル ====== * [[ase3:inst|インストール]] * [[ase3:ase3|Atomic Simulation Environment ver. 3 with Jacapo]] ====== ASE2 + Dacapo簡易マニュアル ====== * [[密度汎関数理論]](DFT: Density functional theory) * [[平面波展開]]、平面波基底(Plane wave basis) * Vanderbilt のウルトラソフト[[擬ポテンシャル]](Vanderbilt ultrasoft pseudo-potential) * [[交換相関ポテンシャル]](Exchange-correlations potential) * [[局所密度近似]](Local Density Approximation (LDA)) * [[一般勾配近似]](Generalized Gradient Approximation (GGA)) * [[https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/|Campos Atomistic Simulation enviroment (ASE)]] ====== ASE + Dacapoでできること ====== - [[seminar:計算の種類|一点計算]] * [[原子配置|入力した構造]]の全エネルギー * [[状態密度]]の計算 * [[波動関数]]の計算 * [[電子密度|電子密度(電荷密度)]]の計算 - [[seminar:計算の種類|緩和計算]] * [[原子配置|最適化された構造]]の原子配置 * 入力した初期構造から最適化された構造にいたる[[原子配置|緩和過程]] - [[seminar:計算の種類|バンド計算]] * 収斂した電荷密度を用いて[[:seminar:cu_bulk|各波数に対するエネルギー]]固有値を計算する ====== ASE + Dacapoのクラスライブラリ ====== <code> +-------------+ Subset(...) <-------> | MDMin(...) | | +------------+ | +-------------+ | | Atom(...) | | | | Atom(...) | | | +------------+ | | Atom(...) | | Atom(...) | | . | | . | | | +------------------+ +-------------+ ListOfAtoms(...)<-------> | Dacapo(...) | +-------------+ </code> ===== 基本クラス ===== <code python> a = Atom(...) m = ListOfAtoms([a, ...], ...) c = Dacapo(...) m.SetCalculator(c) c.Calculate() </code> * [[:ab_initio:atomオブジェクト]] * [[:ab_initio:listofatomsオブジェクト]] * [[:ab_initio:dacapoオブジェクト]] * [[:ab_initio:dacapo_manual]] * [[ab_initio:ase_manual]] ; [[:ab_initio:atomオブジェクト]] : 原子の情報(元素、座標、磁気モーメント、動かすかどうかの印) ; [[:ab_initio:listofatomsオブジェクト]] : 原子を入れた箱の情報、(入れた原子、箱の寸法)この箱を周期的にならべる。 ; [[:ab_initio:dacapoオブジェクト]] : 計算条件 ===== Filterクラス ===== Introduction The simplest form of a filter is a wrapper around a ListOfAtoms object. The filter object will only implement the methods of the ListOfAtoms interface that are needed (some ListOfAtoms methods are filtered out). A typical use case will look like this: <code> +-------------+ +--------+ +----------+ | ListOfAtoms |<----| Filter |<----| Dynamics | +-------------+ +--------+ +----------+ </code> and in Python this would be: <code python> m = ListOfAtoms(...) s = Filter(m, ...) d = Dynamics(s, ...) </code> Filters are used for imposing constraints and for the Nudged Elastic Band method. * [[:ab_initio:Subsetオブジェクト]] * [[:ab_initio:FixCoordinatesオブジェクト]] * [[:ab_initio:FixBondLengthオブジェクト]] * [[:ab_initio:Filterクラス]] ===== Dynamicsクラス ===== * [[:ab_initio:MDMinオブジェクト]] * [[:ab_initio:Conjugate Gradientオブジェクト]] * [[:ab_initio:Quasi Newtonオブジェクト]] * [[:ab_initio:分子動力学]] ===== その他のクラス ===== * ASE.Visualization * [[ASE.IO]] * ASE.Utilities
ab_initio/dacapo簡易マニュアル.txt
· 最終更新: 2022/08/23 13:34 by
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