Ion123レコード→PDBファイル

Dacapo *.text中のIon123レコードだけの行からpdbファイルをつくる

1. Dacapoでつくったhogehoge.text中のIon123だけの行をhogehoge.dataとして保存する。

例)

% grep Ion123 hogehoge.text > hogehoge.data

pdbファイルを作るためのスクリプトion2pdb

#!/usr/bin/awk -f
BEGIN{
  atom[1] = "H";
  atom[2] = "O";
  atom[3] = "CU";
  x0 =  7.68000000;
  y0 =  7.24077344;
  z0 = 18.00000000;
  t = 1.0;
  f = 0.0;
  nline = 0;
}

{

  nline ++;
  printf("ATOM %6d  %-3s THR%6d    ", $3, atom[$5], 1);
  printf("%8.3f%8.3f%8.3f%6.2f%6.2f\n", x0*$6, y0*$7, z0*$8, t, f);
}
END{
  printf("END\n");
}

% ion2pdb hogehoge.data > hogehoge.pdb

1. rasmolで確認

% rasmol hogehoge.pdb