結晶や分子を構成している原子の配列を可視化する場合、原子の種類とその座標をxyzファイルフォーマットで保存しておくと、Jmol, iMol, RasMolといったアプリケーションを使って描画することができる。pdbファイルも同様に使えるが、xyzファイルのほうが圧倒的に易しいのでこっちをつかう。
単純な一変数の関数のグラフはAbscissaを使う。使用法は「Abscissa実習」を参照。
二変数の関数のグラフは主に
などの描画の際に必要になる。 二変数の関数の描画法には、
z=f(x, y)の図形を
で記述するか
f(x, y)をx-y平面内で
を用いて表すか のどちらかを使う
鳥瞰図（多面体）の描画は、次節「f(x,y,z)型」の作図法に準拠する。
鳥瞰図（線画）と等高線図には?GnuPlotを使用する。（→?GnuPlot実習）
濃淡図（グラデーションマップ）は、一旦pythonかawkでデータを処理した後ImageJを使用する。（→?ImageJ実習）
三次元ポテンシャルや波動関数を描画しようとするとx,y,z全ての座標に依存する関数を描画する必要があるわけだが、これにはVMDやVESTAを用いる。そのためにはGaussian Cubeファイルフォーマットについての知識が必要になる。 また、ASEのVTKPlotを使うこともできる。必要になったときに個別に相談すること。