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原子配置

getatoms スクリプト

使い方

出力ファイルに指定したファイル名のファイルが既にあるときは上書きされてしまう！ 
$ getatoms
usage: getatoms [-r R1 R2 R3] input_nc_file output_xyz_file
 
options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -rR1 R2 R3, --repeat=R1 R2 R3
                        Repeat R1, R2, R3 times along the three axes
$

Dacapoの出力であるNetCDFファイル(out.ncなど)を読み込み、全エネルギー計算の場合には計算した構造を、構造最適化計算の場合には入力した初期構造から最適化された構造までの履歴をxyz形式でファイルに保存する。出力したファイルは直接、 iMol, Jmol, VESTA, VMDで読み込むことができる。

出力ファイルに指定したファイルをバイナリの中間ファイルとしても使っている。