====== Visual Molecular Dynamics ======
===== ダウンロード =====
  * [[http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/|オフィシャルサイト]]

===== インストール =====
<code sh>
$ tar zxvf vmd-1.8.6.bin.LINUX.opengl.tar.gz 
$ cd vmd-1.8.6/
$ ./configure 
$ cd src
$ sudo make install
</code>

<note>
インストールされるvmdコマンドは実はcshのシェルスクリプト。実行には当然cshが必要だが、ubuntu8.10にはデフォルトではcshが入っていない。
  $ sudo apt-get install tcsh
などとしてcshもインストールしておくこと。
</note>
===== トラブルシューティング =====
<code>
$ vmd
</code>
で起動しようとすると一瞬何かしらの窓（実はvmdのコンソールである）が開くものの、すぐにプログラムが終了してしまう。こんなときは、
<code>
$ vmd --help
/usr/local/lib/vmd/vmd_LINUX: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open 
shared object file: No such file or directory
</code>
のようなオプションをつけてみるとよい。((これは別にヘルプが表示されるのを期待しているわけではなく、標準出力に何かを書かせようとしてみるという意味。))標準動的ライブラリがないようだ。検索には''apt-cache''を使う。
<code>
$ apt-cache search libstdc++
lib64stdc++6 - The GNU Standard C++ Library v3 (64bit)
lib64stdc++6-4.2-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
lib64stdc++6-4.3-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
libgmp3-dev - Multiprecision arithmetic library developers tools
libstdc++6 - The GNU Standard C++ Library v3
libstdc++6-4.1-doc - The GNU Standard C++ Library v3 (documentation files)
libstdc++6-4.2-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
libstdc++6-4.2-dev - The GNU Standard C++ Library v3 (development files)
libstdc++6-4.2-doc - The GNU Standard C++ Library v3 (documentation files)
libstdc++6-4.3-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
libstdc++6-4.3-dev - The GNU Standard C++ Library v3 (development files)
libstdc++6-4.3-doc - The GNU Standard C++ Library v3 (documentation files)
libstdc++6-4.3-pic - The GNU Standard C++ Library v3 (shared library subset kit)
lib64stdc++6-4.1-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
libstdc++5 - The GNU Standard C++ Library v3
libstdc++6-4.1-dbg - The GNU Standard C++ Library v3 (debugging files)
libstdc++6-4.1-dev - The GNU Standard C++ Library v3 (development files)
libstdc++6-4.1-pic - The GNU Standard C++ Library v3 (shared library subset kit)
libstdc++6-4.2-pic - The GNU Standard C++ Library v3 (shared library subset kit)
</code>
libstdc++5をインストールしておく。
<code>
$ sudo apt-get install libstdc++5
</code>
これでvmdが起動するようになった。