====== リモートアクセス実習 ======


===== 実習1: CUI実習 =====
  - ターミナルを起動し、計算用サーバにリモートログインする。{{ :seminar:fetch-5.php.png?798 |}}
  - ターミナルからsshをつかってsstg1にログインする。<code sh>
$ ssh t92d005@sstg1
sstg1:~$
</code>
      * 学番は自分のを使う（末尾のイニシャルは不要）
      * パスワードは白板のアレ
  - sshの終了の仕方<code sh>
sstg1:~$ exit
$ 
</code>

===== sstg1側でpythonを起動 =====
<code python>
sstg1:~$ python
Python 2.7.3 (default, Sep 26 2013, 20:03:06) 
[GCC 4.6.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from ase import Atoms
>>> box1 = Atoms(cell = (4.0, 4.0, 4.0), pbc = True)
>>> from ase import Atom
>>> box1.append(Atom('C', (2.0, 2.0, 2.0)))
>>> box1.append(Atom('O', (3.1, 2.0, 2.0)))
>>> from ase.calculators.jacapo import Jacapo
>>> solver1 = Jacapo(nbands = 6)
>>> box1.set_calculator(solver1)
>>> solver1.calculate()
>>> print box1.get_total_energy()
-591.604035353
>>> exit()
sstg1:~$ 
</code>

<code python>
sstg1:~$ python
Python 2.7.3 (default, Sep 26 2013, 20:03:06) 
[GCC 4.6.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> a1 = (4.0, 0.0, 0.0)
>>> a2 = (0.0, 4.0, 0.0)
>>> a3 = (0.0, 0.0, 4.0)
>>> from ase import Atoms
>>> box1 = Atoms(cell = [a1, a2, a3], pbc = True)
>>> v1 = (2.0, 2.0, 2.0)
>>> v2 = (3.1, 2.0, 2.0)
>>> from ase import Atom
>>> atom1 = Atom('C', v1)
>>> atom2 = Atom('O', v2)
>>> box1.append(atom1)
>>> box1.append(atom2)
>>> from ase.calculators.jacapo import Jacapo
>>> solver1 = Jacapo(nbands = 6)
>>> box1.set_calculator(solver1)
>>> solver1.calculate()
>>> print box1.get_total_energy()
-591.604035353
>>> exit()
sstg1:~$ 
</code>

===== CotEditを使ってMac側にco.pyを作成 =====
<code python>
from ase import Atoms
a1 = (4.0, 0.0, 0.0)
a2 = (0.0, 4.0, 0.0)
a3 = (0.0, 0.0, 4.0)
box1 = Atoms(cell = [a1, a2, a3], pbc = True)

from ase import Atom
v1 = (2.0, 2.0, 2.0)
atom1 = Atom('C', v1)
v2 = (3.1, 2.0, 2.0)
atom2 = Atom('O', v2)

box1.append(atom1)
box1.append(atom2)

from ase.calculators.jacapo import Jacapo
solver1 = Jacapo(nbands = 6)

box1.set_calculator(solver1)
solver1.calculate()

print box1.get_total_energy()
</code>
  - co.pyをsstg1にCyberDuckを使って転送\\ {{ :seminar:fetch-6.php.png?400 |}}
  - co.pyをsstg1で実行<code sh>
sstg1:~$ ls
Examples  co.py
sstg1:~$ python co.py
-591.604035353
sstg1:~$ ls
Examples  co.data  co.py  out.nc  out.txt
</code>実行する前に既にout.ncが存在するとうまく実行できないことがあるので、既にout.ncが存在しているときは、先にout.ncを削除する。<code sh>
sstg1:~$ ls
Examples  co.data  co.py  out.nc  out.txt
sstg1:~$ rm out.nc
sstg1:~$ ls
Examples  co.data  co.py  out.txt
</code>

===== 実習2 =====
  * 以下の分子についても計算をしてみよ。

  - CO
  - CO<sub>2</sub>
  - H<sub>2</sub>O
  - NH<sub>3</sub>
  - CH<sub>4</sub>
  - SiH<sub>4</sub>

==== 注意 ====

  * 箱の大きさは若干大きめにした方がよい
  * ''nbands''の大きさは以下の価電子数を参考に決めよ

^元素名^元素記号^原子番号（全電子数）^価電子数^
|  水素  |  H  |  1  |  1  |
|  窒素  |  N  |  5  |  3  |
|  炭素  |  C  |  6  |  4  |
|  酸素  |  O  |  8  |  6  |
|  シリコン  |  Si  |  14  |  4  |


（価電子数の合計÷2）+アルファ

=== 例 ===

CO -> 4+6 = 10 -> 10/2 = 5 -> 5+x = 8