====== 計算結果の可視化 ======
===== 結晶構造・原子配列 =====
結晶や分子を構成している原子の配列を可視化する場合、原子の種類とその座標をxyzファイルフォーマットで保存しておくと、[[:software:Jmol]], [[:software:iMol]], [[:software:RasMol]]といったアプリケーションを使って描画することができる。pdbファイルも同様に使えるが、xyzファイルのほうが圧倒的に易しいのでこっちをつかう。

[[原子配列の可視化]]
===== y=f(x)型プロット =====

単純な一変数の関数のグラフはAbscissaを使う。使用法は「Abscissa実習」を参照。
===== z=f(x, y)型プロット =====


二変数の関数のグラフは主に

  * 二次元のポテンシャル面
  * STM像
  * LEED/XRD回折像
  * パターソン図
などの描画の際に必要になる。 二変数の関数の描画法には、

  * 鳥瞰図\\
z=f(x, y)の図形を
    * 線画
    * 多面体
で記述するか
  * 平面図
f(x, y)をx-y平面内で
    * 等高線
    * 色の濃淡
を用いて表すか
のどちらかを使う

鳥瞰図（多面体）の描画は、次節「f(x,y,z)型」の作図法に準拠する。

鳥瞰図（線画）と等高線図には?GnuPlotを使用する。（→?GnuPlot実習）

濃淡図（グラデーションマップ）は、一旦pythonかawkでデータを処理した後ImageJを使用する。（→?ImageJ実習）
===== f(x, y, z)型プロット =====


三次元ポテンシャルや波動関数を描画しようとするとx,y,z全ての座標に依存する関数を描画する必要があるわけだが、これには[[:software:VMD]]や[[:software:VESTA]]を用いる。そのためにはGaussian Cubeファイルフォーマットについての知識が必要になる。 また、ASEのVTKPlotを使うこともできる。必要になったときに個別に相談すること。


    * [[波動関数描画用ファイルの作り方]]

===== pdb ファイルの利用法 =====


  * sample2.pdb
  * Si結晶のPDBファイル
  * 実習 ?PDBファイルの作成
  * ちょっとしたテクニック（Tips）
    * Gnuplotでファイルに出力
    * アニメーション用pdbファイル
    * データをファイルから取り出す

===== xyz ファイルの利用法 =====


  * sample2.xyz
  * Si結晶のxyzファイル
  * 実習 ?xyzファイルの作成
    * アニメーション用xyzファイル
    * データをファイルから取り出す