====== 第一原理計算環境の構築 ======
ここでは、Ubuntu 8.10をインストールしたAT互換機に第一原理計算パッケージ(Dacapo)を導入する手順を説明する。
Dacapoパッケージは
  - ASE2 (Atomic scale Simulation Environment version 2) python スクリプト集
  - Dacapo python スクリプト集
  - 擬ポテンシャル
  - Dacapo 実行形式ファイル（もしくはそのソースコード(FORTRAN 90)）
から成っている。

以下では既に[[計算環境の構築|プログラミング言語や可視化ツールなど一般的な開発環境]]について設定されているとして話を進める。

====== 追加ソフトウェアの導入 ======
ASEをインストールする前に[[追加ソフトウェアの導入|いくつかソフトウェアをインストールする]]必要がある。
==== 必要なソフトウェア ====
  - Python バージョン2.2以降: オブジェクト指向プログラミング言語 (http://www.python.org/)
  - Rasmol: 分子構造可視化ツール (http://www.openrasmol.org/)
  - GnuplotおよびGnuplot-Python: グラフ作成ツールとそのpython用ライブラリ (http://sourceforge.net/projects/gnuplot-py/)
  - NetCDF: Net Comon Data Format用ツール及びそのpython用ライブラリ（Scientific Pythonより前に導入すること）
  - VTK: X-Windows用可視化ライブラリ (http://www.vtk.org/) 
  - Numeric Python [[http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=1369&package_id=1351|バージョン24.2]]. 最新のNumPyを使いたければase3に移行する必要がある。
  - Scientific Python (http://dirac.cnrs-orleans.fr/ScientificPython/) 必ずバージョン2.4.11を使うこと。 
  - Python Pexpect (http://pexpect.sourceforge.net/)
  - Matplotlib (http://matplotlib.sourceforge.net/) なくてもよい。

====== CAMP-ASE2のインストール ======
===== CAMP-ASE2 Python scripitsのインストール =====
  $ tar zxvf campos-ase-2.3.13.tar.gz
  $ cd campos-ase-2.3.13/
  $ sudo python setup.py install

===== Test =====
ASE2のTest/VTK.pyを実行してみて
pythonスクリプトが
  $ python VTK.py 
  KeyError: 'Environment variable VTK_TK_WIDGET_PATH not set. 
  Specifies the location of libvtkRenderingPythonTkWidgets.so. 
  This file will usually be in /usr/lib/vtk/python/.'
  $
のように''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so''を見つけられない場合、
  $ export VTK_TK_WIDGET_PATH=/usr/lib
のように''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so''のあるディレクトリを環境変数に設定する。''/usr/lib''や''/usr/local/lib''を
調べてみて、''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so.x.0''はあるが、''libvtkRenderingPythonTkWidgets.so''はない、と言う場合には、
  # ln -s /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so.5.0 /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so
のようにシンボリックリンクを張る必要がある。

VTKのテストは、以下のように
  $ export VTK_TK_WIDGET_PATH=/usr/lib
  $ python -i VTK.py 
  >>>^D 
  $ 
オプション''-i''をつけて実行する。

====== Dacapoのインストール ======
===== Dacapo-pythonのインストール =====
  $ tarzxvf campos-dacapo-2.7.15.tar.gz
  $ cd campos-dacapo-2.7.15/
  $ cd Python/
  $ sudo python setup.py install
のようにtarボールを展開したのち、''Python''ディレクトリ下にある''setup.py''を''install''コマンド付きで起動するとインストールされる。この際root権限で実行する。（上の例では''sudo''を使っている。）

===== Dacapo実行形式ファイルのインストール =====
==== ソースからコンパイルする ====
tarボールには
==== コンパイル済みのバイナリをrpmでインストールする ====
  $ sudo apt-get install rpm
  $ sudo rpm -ihv --nodeps Dacapo-2.7.7-0.1.i386.rpm 
  $ dacapo.run 
  Running /usr/bin//dacapo_2.7.7.run
  abort_calc: 
  Syntax error: number_of_args < 1; 
  usage:/usr/bin//dacapo_2.7.7.run netCDF_input_file [netCDF_output_file]
                                                     [-innc netCDF_input_file] 
                                                     [-outnc netCDF_out_file]
                                                     [-out ASCII_output]
                                                     [-scratch scratch_dir ]
                                                     [-stop stop_file_name]
  clexit: exiting the program
  $ 


  kimi@dell:~/Archives$ sudo rpm -Uhv --nodeps --force Dacapo-2.7.7-0.1.i386.rpm 

  kimi@dell:~/Archives$ cd Archives/
  kimi@dell:~/Archives$ cd
  kimi@dell:~/Archives$ ls -al
  kimi@dell:~/Archives$ sudo sh /tmp/x
  kimi@dell:~/Archives$ vi /tmp/x
  kimi@dell:~/Archives$ sudo find . -print | grep pseudo$ > /tmp/x
  kimi@dell:~/Archives$ sudo chmod a+x *
  kimi@dell:~/Archives$ sudo chmod a+x /usr/local/share/psp