====== Linuxのインストール ======
  * [[:linux:ubuntuのインストール]]
  * [[:linux:基本環境|基本開発環境]]
  * [[:linux:RasMolのインストール]]
  * [[:linux:JREのインストール]]
  * [[:linux:Jmolのインストール]]
  * ImageJ

===== ASEに必要なソフトウェア =====

  - Python 2.2以上
  - [[NetCDF|full netcdf the package (containing required netcdf.h file)]]
  - Numeric Python 24.2.
  - Scientific Python 2.4.11

ubuntuでは、Synapticパッケージマネージャで''python-scientific''をインストールすると依存性からすべてインストールされる。
===== あると便利なソフトウェア =====

  - Rasmol
  - Gnuplot (gnuplot-py)
  - Python Pexpect
  - Matplotlib 0.90.0
  - vtk 
    * vtkpython サンプル<code python>
import vtk
cs = vtk.vtkConeSource()
map = vtk.vtkPolyDataMapper()
map.SetInput(cs.GetOutput())
actor = vtk.vtkActor()
actor.SetMapper(map)
ren = vtk.vtkRenderer()
renwin = vtk.vtkRenderWindow()
ren.AddActor(actor)
renwin.AddRenderer(ren)
renwin.Render()
iren = vtk.vtkRenderWindowInteractor()
renwin.SetInteractor(iren)
</code>
<note>
もしlibvtkRenderingPythonTkWidgets.soが見あたらないときは

      ln -s /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so.5.0 /usr/lib/libvtkRenderingPythonTkWidgets.so

のようにシンボリックリンクを貼っとく。でもって

      export VTK_TK_WIDGET_PATH=/usr/lib

を忘れずに。
</note>

====== デフォルトでインストールされているもの ======
以下のパッケージはUbuntu 8.10ではデフォルトでインストールされている。他のディストリビューションを利用する場合は確認すること。
===== GNU Cコンパイラ =====
''パッケージ名: gcc''

言わずと知れたGNU C コンパイラ。C 言語のシンタックスについてはポインタとストラクチャを除いて完全に理解しているのが前提。

===== python =====
''パッケージ名: python''

インタープリタのオブジェクト指向言語。ASE/Dacapoを使いこなすためには必須。

====== 「アプリケーションの追加と削除」でインストール ======
以下のパッケージはUbuntu 8.10では「アプリケーションの追加と削除」からインストールできる。
===== JAVA実行環境 =====
''パッケージ名: sun-java6-jdk (Sun Java 6 Runtime)''コード''''

Sun Microsystemsの提供する Javaの実行環境(JRE: Java(TM) Runtime Environment)。これにより計算機の機種や基本ソフトウェアに依らず同じプログラムを実行することができる。JmolやImageJで必要になる。

====  Sun Java 6.0 Plugin ====
The Java(TM) Plug-in, Java SE 6 
Java Plug-in enables applets written to the Java Platform 6 specification to be run in Mozilla and other web browsers. Java Plug-in comes with the Java Runtime Environment (JRE).
This is a metapackage containing dependencies for running Java in various browsers.

====== Synaptic パッケージ・マネージャ ======

===== gfortran =====

The GNU Fortran 95 compiler
This is the GNU Fortran 95 compiler, which compiles Fortran 95 on platforms
supported by the gcc compiler. It uses the gcc backend to generate optimized
code.

This is a dependency package providing the default GNU Fortran 95 compiler.

===== imagej =====
Image processing program inspired by NIH Image for the Macintosh
It can display, edit, analyze, process, save and print 8-bit, 16-bit and
32-bit images. It can read many image formats including TIFF, GIF, JPEG,
BMP, DICOM, FITS and "raw". It supports "stacks", a series of images that
share a single window.

It can calculate area and pixel value statistics of user-defined
selections. It can measure distances and angles. It can create density
histograms and line profile plots. It supports standard image processing
functions such as contrast manipulation, sharpening, smoothing, edge
detection and median filtering.

Spatial calibration is available to provide real world dimensional
measurements in units such as millimeters. Density or gray scale
calibration is also available.

ImageJ is developed by Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov), is at the
Research Services Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda,
Maryland, USA.

===== Imagemagick =====
画像操作プログラム
Imagemagick は、各種画像フォーマット (JPEG、TIFF、PhotoCD、PBM、XPM、など) を操作するためのプログラムの集合体です。全ての操作は、シェルコマンドに加え、 X11 グラフィカルインターフェイス (ディスプレイ) を通じて行われます。

実行可能なエフェクト: カラーマップ操作、チャンネル操作、サムネイル作成、 画像の回転、画像の切り取り、画像の歪曲など...

===== 個別にダウンロードしてインストール =====
==== Jmol ====
Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D
Jmol icon
with features for chemicals, crystals, materials and biomolecules
http://jmol.sourceforge.net/
  $ export JMOL_HOME=~/jmol-11.6.10
  $ jmol-11.6.10/jmol

==== VMD ====

                        README file for VMD 1.8.6
---------------------------------------------------------------------------

What is VMD?            See also http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
---------------------------------------------------------------------
  VMD is designed for the visualization and analysis of biological
systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies,
etc.  It may be used to view more general molecules, as VMD can read
standard Protein Data Bank (PDB) files and display the contained
structure.  VMD provides a wide variety of methods for rendering and
coloring molecule.  VMD can be used to animate and analyze the trajectory
of molecular dynamics (MD) simulations, and can interactively manipulate
molecules being simulated on remote computers (Interactive MD).