====== 原子配置 ======
===== getatoms スクリプト =====
==== 使い方 ====
<note warning >
出力ファイルに指定したファイル名のファイルが既にあるときは上書きされてしまう！
</note>
<code sh>
$ getatoms
usage: getatoms [-r R1 R2 R3] input_nc_file output_xyz_file

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -rR1 R2 R3, --repeat=R1 R2 R3
                        Repeat R1, R2, R3 times along the three axes
$ 
</code>
Dacapoの出力であるNetCDFファイル(out.ncなど)を読み込み、[[seminar:計算の種類|全エネルギー計算]]の場合には計算した構造を、[[seminar:計算の種類|構造最適化計算]]の場合には入力した初期構造から最適化された構造までの履歴を[[xyz形式]]でファイルに保存する。出力したファイルは直接、 [[iMol]], [[Jmol]], [[VESTA]], [[VMD]]で読み込むことができる。

  * [[script:getatoms|ソースコード]]
<note >
出力ファイルに指定したファイルをバイナリの中間ファイルとしても使っている。
</note>
  * [[makevestafileスクリプト|単位格子ベクトルが互いに直交しない場合のVESTAの問題]]