====== ase3 + jacapo簡易マニュアル ======
  * [[ase3:inst|インストール]]
  * [[ase3:ase3|Atomic Simulation Environment ver. 3 with Jacapo]]

====== ASE2 + Dacapo簡易マニュアル ======
  * [[密度汎関数理論]]（DFT: Density functional theory）
  * [[平面波展開]]、平面波基底（Plane wave basis）
  * Vanderbilt のウルトラソフト[[擬ポテンシャル]]（Vanderbilt ultrasoft pseudo-potential）
  * [[交換相関ポテンシャル]]（Exchange-correlations potential）
    * [[局所密度近似]]（Local Density Approximation (LDA)）
    * [[一般勾配近似]]（Generalized Gradient Approximation (GGA)）

  * [[https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/|Campos Atomistic Simulation enviroment (ASE)]]

====== ASE + Dacapoでできること ======
  - [[seminar:計算の種類|一点計算]]
    * [[原子配置|入力した構造]]の全エネルギー
    * [[状態密度]]の計算
    * [[波動関数]]の計算
    * [[電子密度|電子密度（電荷密度）]]の計算
  - [[seminar:計算の種類|緩和計算]]
    * [[原子配置|最適化された構造]]の原子配置
    * 入力した初期構造から最適化された構造にいたる[[原子配置|緩和過程]]
  - [[seminar:計算の種類|バンド計算]]
    * 収斂した電荷密度を用いて[[:seminar:cu_bulk|各波数に対するエネルギー]]固有値を計算する




====== ASE + Dacapoのクラスライブラリ ======
<code>
                          +-------------+
    Subset(...) <-------> | MDMin(...)  |   
|  +------------+  |      +-------------+
|  | Atom(...)  |  |
|  | Atom(...)  |  | 
|  +------------+  |
|    Atom(...)     |
|    Atom(...)     |
|         .        |
|         .        |
|                  |
+------------------+       +-------------+
 ListOfAtoms(...)<-------> | Dacapo(...) |
                           +-------------+
</code>
===== 基本クラス =====
<code python>
  a = Atom(...)
  m = ListOfAtoms([a, ...], ...)
  c = Dacapo(...)
  m.SetCalculator(c)
  c.Calculate()
</code>
  * [[:ab_initio:atomオブジェクト]]
  * [[:ab_initio:listofatomsオブジェクト]]
  * [[:ab_initio:dacapoオブジェクト]]
  * [[:ab_initio:dacapo_manual]]
  * [[ab_initio:ase_manual]]

  ; [[:ab_initio:atomオブジェクト]]
  : 原子の情報（元素、座標、磁気モーメント、動かすかどうかの印）
  ; [[:ab_initio:listofatomsオブジェクト]]
  : 原子を入れた箱の情報、（入れた原子、箱の寸法）この箱を周期的にならべる。
  ; [[:ab_initio:dacapoオブジェクト]]
  : 計算条件


===== Filterクラス =====
Introduction
The simplest form of a filter is a wrapper around a ListOfAtoms object. The filter object will only implement the methods of the ListOfAtoms interface that are needed (some ListOfAtoms methods are filtered out).

A typical use case will look like this:
<code>
+-------------+     +--------+     +----------+
| ListOfAtoms |<----| Filter |<----| Dynamics |
+-------------+     +--------+     +----------+
</code>
and in Python this would be:
<code python>
m = ListOfAtoms(...)
s = Filter(m, ...)
d = Dynamics(s, ...)
</code>
Filters are used for imposing constraints and for the Nudged Elastic Band method.

  * [[:ab_initio:Subsetオブジェクト]]
  * [[:ab_initio:FixCoordinatesオブジェクト]]
  * [[:ab_initio:FixBondLengthオブジェクト]]
  * [[:ab_initio:Filterクラス]]
===== Dynamicsクラス =====
  * [[:ab_initio:MDMinオブジェクト]]
  * [[:ab_initio:Conjugate Gradientオブジェクト]]
  * [[:ab_initio:Quasi Newtonオブジェクト]]
  * [[:ab_initio:分子動力学]]
===== その他のクラス =====

  * ASE.Visualization
  * [[ASE.IO]]
  * ASE.Utilities